又过了几个月，开普勒像他自喻的小狗一样变得急躁不安，有时甚至充满恶意。①尽管不太情愿，第谷还是打开了他搜集的观测资料库，把火星运行轨道的记录交给他。不过，他像往常一样小心谨慎，让自己的另一位助手克里斯丁 · 索仁森监视开普勒。索仁森出生在丹麦朗堡村（ 即今朗曼塔努）——他们就喜欢这些拉丁式双关语!这是一个温和、善良的人，对上司对待开普勒的态度心里暗含不满。两个人合作得非常好，这主要归功于朗曼塔努人的宽容和作为天文学家的坦荡。终于，第谷放松下来，重新分配任务，让朗曼塔努人研究月球的运动原理——月亮在第谷的体系中扮演着重要的角色，他还允许开普勒独自继续进行火星研究，但不久，他就强迫开普勒写下一份保证书，绝不向外界泄露新尤兰尼堡的任何秘密。分配开普勒进行火星研究是科学史上一个颇为幸运的机会，因为该行星的轨道偏离只能用其与太阳位置之间的关系进行解释，这支持了开普勒一贯坚持的看法，即太阳是引起行星运动的根源。研究火星的那几周，表明开普勒具有成为一个成熟的理论科学家的天赋。     

当开普勒的作用越来越重要时，他开始为自己的权利进行呼吁。他要求同第谷签订一份协议，在贝纳克进行的宇宙研究计划中，对方要把他当做一个合作伙伴，保证他的劳动付出有合理的酬报。两个人的协商拖拖拉拉地持续了整整一个春天。开普勒要求获得两份工资，一份由第谷支付，一份由皇家支付，而且他可以利用每天下午的业余时间按照他自己的理论进行研究，仍在格拉茨的家人芭芭拉及继女正急切地等待着团聚的消息，应该给他和家人一所自己的房子居住，远离贝纳克城堡和这儿的混乱生活。这些协议从某个方面表明开普勒不乏歇斯底里和偏执，同时也展现了第谷的宽容与忍耐，尽管不太明显。不过，他仍然怀疑开普勒对哥白尼学说的偏爱，他预见到无论如何不情愿，都得承认这位年轻人是个天才。第谷极可能是出于贵族的傲慢，才会喜欢开普勒这个容易激动、积极肯干和多少有些滑稽的合作者。当然了，他在某些方面颇为纵容开普勒，那是贝纳克其他助手想都不敢想的。

四月初，第谷和开普勒坐下来研究解决方案，皇家首席物理学家詹恩 · 杰森斯基做仲裁人。开普勒递上他写给第谷的要求，第谷也提出了一份文件予以回应，其主要内容是关于保密事项。如果开普勒签署协议，第谷会催促皇帝给开普勒提供一份像样的工资，为他及家人找一处房子，并为芭芭拉和女儿报销从格拉茨到布拉格的路费。开普勒想自由支配星期日和假期，第谷认为这种说法近乎无理取闹，他强调说从未要求助手在这些时间工作过。“助手”一词再次被提及。开普勒却坚持说，要么他的要求完全得到满足，要么就取消协议。尽管杰森斯基博士竭力缓和矛盾，但会谈还是因怨怒不欢而散。吃晚饭时，当着布拉厄一家的面，开普勒喝得酩酊大醉，对第谷厉声愤斥，第谷也如法炮制，针锋相对。可以想象当时的场景，个头儿不高的开普勒因为酒精和愤怒满脸通红，挥舞着拳头尖声喊叫，与此同时，丹麦人抓着桌子的一角，似乎准备把桌子掀翻，与开普勒的狂怒的尖厉不同，第谷的愤怒听起来更像男低音的共鸣。第二天，开普勒离开贝纳克，在杰森斯基的陪同下回到布拉格。第谷再一次表现了他异乎寻常的克制，在两人离开前，他告诉杰森斯基，倘若开普勒愿意写封道歉信，他仍然可以回来继续他在贝纳克的工作。有人也许以为，开普勒听到这种要求时会愈加生气、愤怒，不过，一旦回到布拉格，开普勒只能到巴隆 · 霍夫曼家落脚，当然，杰森斯基和善良的巴隆的热心提醒促使他反省自己，也看到了自己的处境的危机，他便给第谷写了一封道歉信，信中过分花哨且可怜巴巴的措词令人瞩目。这只小狗决定屈意相从了。第谷接到信，备感轻松，他破天荒地立刻叫来马车，亲自到布拉格去接这个浪子回贝纳克。春日的阳光照着霍夫曼的宅邸，开普勒谦逊地举步长趋，眼中泪光闪烁；丹麦人从马车车厢里下来，金属鼻甲闪闪发光，虚弱的肩膀脱下一只罩在绣花锦缎里的手臂，他们匆匆对谈了几句；巴隆和杰森斯基博士分别站在开普勒的两边，圣维特大教堂传来和谐喜悦的钟声。

回到贝纳克，第谷和开普勒很快就雇用事宜达成协议。由皇帝指定开普勒做第谷的助手两年，在此期间，他可以继续获得斯捷里亚地区数学教师的工资，同时还享有皇家财政提供的半份津贴。协议还提到要将开普勒的妻子及继女从格拉茨接来安置。五月，第谷指定腓特烈 · 罗森格兰兹——一个不可救药的坏蛋——陪同开普勒到斯捷里亚南部，后者自行到维也纳加入了奥地利军队，与土耳其作战。最终，对于开普勒来说，无论生活还是工作，似乎一切已经是晴空万里了，然后又像通常那样，不久又阴云疾涌。6月10日，鲁道夫从普尔泽回到布拉格，为躲避瘟疫，他已经离宫9个月了。有一堆等待回复的文件、待定的决策以及皇家数学家——也可以说是皇家天文学家——的建议，皇室要求第谷在一天之内，不，是一个小时内赶到。第谷?须立刻赶往布拉格，他和家人及助手们将被安排在金色格里芬下榻。第谷自然惊诧不已。他在贝纳克的工作刚刚接近完成，北部船运航道已经完全解冻，可以把他放在哈汶岛的仪器运送来，却在这个时候，突然要求他离开新尤兰尼堡，他再一次领教了皇帝的反复无常，其异常古怪的性情很像撒泼。在鲁道夫驱逐了圣方济会的修士，并将金色格里芬后面的修道院令人难以容忍的钟声关掉后，第谷才算多少得到一点儿安慰。善良的修士强调说应当受到驱逐的是第谷，因为他们祈祷的馨香圣洁之气弥漫在荷拉德卡尼，无疑对以炼金术士著称的布拉厄所进行的黑暗邪恶的工作具有阻拦作用。① 第谷确实抱怨过金色格里芬不够舒适，说得多了，皇帝很快就为他及全家人重新安置住处，就在巴隆 · 霍夫曼府附近如今的第谷新星大街上。① 鲁道夫进一步指示第谷在美丽的皇家夏宫——即今所谓的贝尔伏德的宏伟的拱廊上安装他的天文观测仪器。② 与贝纳克的那些仪器相比，这些设备并不理想。第谷在新房子里安装仪器并安置他的3000册图书时，不安地发现西南部的天空有一大片被皇宫建筑物挡住了，对此，他只能听之任之。