第谷 · 布拉厄的墓地仍在提尼教堂里面，有一个真人大小的桃灰色云石浮雕像，上刻一行字迹闪亮而含义模糊的墓志铭：“存在胜于感觉。”     

第谷的人生终结标志着开普勒专业研究生涯的真正开始。两天后，皇家秘书巴威兹带来皇帝的旨意，指定开普勒接替第谷做皇家数学教师，甚至死亡也无法拖延《鲁道夫星表》的出版工作。开普勒异常惊讶地听说他的工资竟然是或者说至少是第谷当初答应的6倍。另一方面，开普勒如今可以不受任何限制地拿到第谷的观测资料，自由使用他的仪器设备，不过，对于视力不佳、戴眼镜的开普勒来说，这些仪器的使用价值并不大，但皇帝还是用2万弗罗林从布拉厄家族手中购买了布拉厄的天文研究财产。开普勒和芭芭拉从荷拉德卡尼搬到位于老城区费塞拉德斯卡大街的一间房子，距浮士德的房子不远，与艾默斯修道院相对。② 尽管家庭不幸——婚姻生活并不美满，孩子也死了，而且还时不时地和布拉厄家的人争吵一番，①  但在布拉格做皇家数学家的那些年是开普勒生命中最接近其梦想的时候，尽管房子并不是金色的，也没有欢呼与掌声，可至少身后还会传来一两声皇家的喝彩。他最重要的工作是在布拉格完成的，研究题目多种多样，从人的肉眼观测火星轨道到雪花的结构直到他写出第一篇科学理论杰作《天文新星》。他心里牢记着第谷逝前的请求，给这个丹麦人以应得的尊重，但他无法证实第谷假说的正确性，正像一位传记作者明确指出的那样，“历史欢呼的是哥白尼革命，不是第谷革命”。

1608年，鲁道夫被迫让出皇位，大势已去。在欧洲，开普勒所有的和平前景都被扫荡一空、不复存在。1611年冬天，布拉格陷入混战。帕索主教、大公利奥波德五世指挥军队，他本是鲁道夫为了夺回皇位轻率任命的，这支军队在城里引起了暴乱，缺乏训练又毫无纪律观念的士兵任意胡为，同波希米亚自卫队展开了流血战役。开普勒那时正在新城区的房子里工作，想要揭开宇宙和谐的秘密，他从工作室的窗口望下去，看见街上到处是烧杀抢掠。与此同时，荷拉德卡尼的皇宫“弥漫着疯狂和毁灭”的气息，鲁道夫的兄弟满怀仇恨剥夺了他的一切权力、攫取了波希米亚王位，这让鲁道夫近乎精神崩溃。4月，开普勒也从荣耀之地跌入凡尘，在布拉格无法生活下去，他被迫接受了奥地利林茨一所中学的教职。皇家数学教师再一次变成了中学教员。更糟糕的事情还在后面，6月，芭芭拉因高烧去世。对这个同他荣辱与共近半生的女人的离去，开普勒确实伤心了一阵子，但他还是再婚了，这次的婚姻还比较幸福，不过和前一段婚姻一样，他们的孩子还是一个一个地夭折了。1615年，开普勒的母亲被控施行巫术罪，他用了6年，是的，整整6年时间为她提供法律援助和保护。他离开她几个月后，她也去世了。可是不管有多少艰难险阻，开普勒从未停止过天文学研究。当他周围的世界陷入一片混乱和可怕的宗教争战时，他却深深地沉醉在探寻天国和谐的奥秘中，作为毕达哥拉斯的追随者，他始终把宇宙看做是一个音乐的模型。1618年5月15日，开普勒完成了他重要著作的最后一部分，他发现了行星运动的第三公理，即《宇宙和谐论》，指出行星的运行轨道及其与太阳的距离之间的关系。他欣喜若狂，在《和谐论》的结尾，他向宇宙的创造者上帝唱了一首赞美诗：“哦，主，伟大的创造者，我感谢你……你用自然之光唤起了我们对永恒之光的渴望……”