这次眼看就要将嘉靖皇帝送上黄泉路的谋逆事件，史称“壬寅宫变”。

事后，众人围着昏迷不醒的朱厚熜慌乱成一团。方皇后冲上去解开25 朱厚熜脖颈上的绳子，让人灌水催醒。朱厚熜醒转过来的时候，糊里糊涂的端妃才慌张地跑过来。方皇后早先就与端妃有仇，现在刚好借题发挥，落井下石，将绳子掷在端妃的脸上厉声指责端妃大逆不道，谋害皇帝。元凶是自己的贴身宫女，自己又迟迟未到，端妃百口莫辩，眼巴巴地看着朱厚熜。朱厚熜虽然醒过来了，但脑袋还迷糊着，没有分清楚东西南北呢，根本不能判断当前的对错。方皇后就趁着朱厚熜尚未清醒，撇开端妃，下令严刑拷问被逮宫女。朱厚熜没有反对，就等于默许方皇后给案子定的性（端妃参与了谋逆），让方皇后的意见主导了案子的审讯过程。

朱厚熜快要被勒气绝的时候，御医们匆匆赶来。因为害怕用错了药而获罪下狱，大家一筹莫展，不敢开方子。结果还是太医院使许绅冒着万死，给朱厚熜下了一味猛药。过了三四个时辰，朱厚熜吐出数升紫血，才能缓过神来，能清楚说话。事后，许绅因为救驾有功而“赐赍甚厚”，但不久他便得了重病。许御医知道自己将不久于人世，吩咐家人说：“熜曩者宫变，吾自分，不效，必杀身，因此惊悸，非药石所能疗也。”原来这位许御医还在为当天的紧急用药而后怕，简直是怕死的。

话说司礼监对16名宫女严刑拷打，刑讯逼供，最后得出了以端妃曹氏、宁嫔王氏、杨金英为首犯的弑君团体。杨金英曾因为一点小事被朱厚熜责骂，差点被推出去杀死。端妃求情，才救下杨金英的命来。司礼监题本中记录的杨金英的口供称：“本月十九日的东梢间里有王、曹侍长在点灯时分商说：‘咱们快下手吧，否则就死在手里了。’（可能当时抄漏了一个‘他’字，或有意避讳）”最终此案以曹氏、王氏主谋，杨金英主凶定案，“杨金英等同谋弑逆。张金莲、徐秋花等将灯扑灭，都参与其中，一并处罚”。根据司礼监的审讯结果，朱厚熜下圣旨说：“这群逆婢，并曹氏、王氏合谋弑于卧所，凶恶悖乱，罪及当死，你们既已打问明白，不分首从，都依律凌迟处死。其族属，如参与其中，逐一查出，着锦衣卫拿送法司，依律处决，没收其财产，收入国库。陈芙蓉虽系逆婢，阻拦免究。钦此钦遵。”刑部等衙门执行后回奏：“臣等奉了圣旨，随即会同锦衣卫掌卫事、左都督陈寅等，捆绑案犯赴市曹，依律将其一一凌迟处死，尸枭首示众，并将黄花绳黄绫抹布封收官库。然后继续捉拿各犯亲属，到时均依法处决。”最终，此案株连了相关各人的家族，抄家灭族。

这场宫廷变故就这么过去了，方皇后成为最大的受益者。方皇后因为救驾最快最用力，受到封赏最多。方皇后父亲由平安伯晋封为平安侯。老人家因为女儿的功劳而封侯，可谓是明朝空前的恩赏了，足见朱厚熜一开始对方皇后救命之恩的肯定和感激。

随着时间的推移，朱厚熜总觉得这件事情有蹊跷，定得太仓促了。念及与端妃往日的情分，朱厚熜认真思考起当晚的谋杀案来。他仔细诘问端妃周边的宫女，得知端妃事先对谋杀案并不知晓，显然是被冤杀的。他判断，这是一件相当简单的宫女自发的叛逆事件，没有后台，和端妃、宁嫔没有关系。方皇后主导这样定案，显然是公报私仇。被愚弄的朱厚熜要惩罚方皇后，可又认为方皇后毕竟对自己有救命之恩，不忍加害。于是皇帝与皇后有了隔阂。嘉靖二十六年，后宫发生了大火。朱厚熜当时不在大内，当太监们来报称大火已经烧到了皇后宫院时，朱厚熜不允许人们去救火。据说他还自言自语说：“真是报应不爽，那东西喜欢害人，今天是在劫难逃了。”大火灭后，方皇后被严重烧伤，奄奄一息。朱厚熜也拒绝看望皇后。方皇后很快就死了。朱厚熜是个很矛盾的人，又想起方皇后生前的种种好处来，亲自给她定谥号为孝烈，预定的葬地取名为永陵。