曾国藩下令杀害李秀成后将李秀成的手稿分为八九份，分别令人缮写，共抄写130页，每页216字，装订成册后封送军机处备查。交给军机处的这份复制稿上有曾国藩的断句和修改痕迹。可能是李秀成被捕一事影响太大，手稿不能隐藏，曾国藩在报送军机处的同时，又在安庆九如堂将李秀成手稿编辑出版。该版本共27818字，是《李秀成自述》的最早版本，被称为曾刻安庆本。安庆本被曾国藩发送给各省总督、巡抚，作为“内部学习”资料使用。

这版最早的《李秀成自述》记录了太平天国后期的政治军事情况。这不奇怪，因为李秀成是亲历者和决策者。奇怪的是，李秀成还在文中对清王朝和曾国藩大加謀颂，说“久悉中堂（曾国藩）恩深量广，切救世人之心”，“久知中堂有仁爱惠四方，兼有德化之心，良可深佩”。李秀成表示“心悔莫及”，认为太平天国失败是必然的，“今天国已亡，实大清皇上之福德，万幸之至”等等。整个文献明显透露出乞怜求生的意思，颠覆了李秀成的传统形象。手稿是李秀成在极度紧张的情况下写成的，加上时间紧迫，有许多笔误和记忆错误的地方。李秀成只读过三年书，文字能力主要是通过阅读《三国演义》、《水浒传》、《东周列国志》、《封神传》、《说唐》等小说学得的，所以文章半文不白，有许多令人费解的地方。所以一开始就有人要求曾国藩公布原稿。可惜，曾国藩把原稿藏得密不透风，最后把原稿交给长子曾纪泽，要求后人永不外泄。这更增加了人们的疑问。

20世纪40年代，曾国藩的后人同意研究者阅读原稿，并拍摄若干胶片。《李秀成自述》因此出现了修订版。第二个版本内容增加了不少，但是第一版本中的内容依然存在。李秀成还在那里“乞怜求生”。1960年，中华书局影印出版《忠王李秀成自述校补本》。郭沫若先生为书作序。序中说，湖南湘乡曾家所藏《自述》由曾家四少爷曾昭桦取走，在由香港飞曼谷的途中因飞机失事身亡。郭沫若因此慨叹道：“《自述》原稿如为此人所随身携带，则已可能不复存在于人间了。”不想1963年，曾国藩的曾孙曾约农在台湾世界书局将《李秀成自述原稿》影印本公布于世。全书74页，36100字，没有结尾。这些版本都表明李秀成“忠王不忠”，晚节不保，有投降事实的存在。这再次将有关李秀成是否叛变的争议推向了高潮。

部分专家、学者不能接受英勇奋战、支撑天国的一代忠王最后乞降叛变的事实，从否认《李秀成自述》的真实性入手试图证明李秀成没有叛变。1979年，荣孟源发表《曾国藩所存李秀成稿本考略》，认为中华书局影印本《忠王李秀成自述校订本》绝非李秀成真迹。荣孟源主要的理由如下：1.李秀成是从1864年6月20日开始写供状，到6月底7月初结束，共写了9天时间。他每天随写随交，真迹应该是散页或者分装为九本，不会是写在一本装订好的“吉字中营”横条簿上。而现在我们所见的版本是装订好的横条簿，前后两天所写的连在一起，前一日所写的末尾与后一日所写的开首同在一页，墨色相同，是连贯写成的。2.稿本页数与曾国藩记录的《李秀成供》页数不符。3.按照李秀成自己计算和曾国藩一些家书显示，李秀成的供状真迹应该是五万字，而现存在稿本只有35000字。如果说供状被人撕毁或者删改，必然存在页数不符合或者上下文难以衔接的问题。但是这些问题在稿本中都不存在。4.李秀成在第三、四、五天写的有关太平军与湘军作战的情况被删除了不少。有关太平军与湘军作战的情况语焉不详，而根据旁人的笔记和日记显示李秀成对太平天国与湘军的作战情况回忆得很详细。5.稿本的格式也不正确。比如多数地方写到“上帝”、“天王”的时候没有抬头，不符合太平天国格式。太平天国对“耶稣”的“稣”字要避讳，改用“苏”字。稿本中也没有避讳，相反却对清朝皇帝的名号进行了避讳。因此可以推测，这是曾国藩及其幕僚将李秀成的真迹篡改后，再抄了一份送到北京的军机处，冒充李秀成的供状。1984年荣孟源再次撰文断定：“《李秀成自述》不是李秀成的真迹，而是曾国藩修改后重抄的冒牌货。”