为保光绪，康有为先是逐个给各国驻华公使写信，希望他们联合起来干涉慈禧太后，解救光绪帝；后又辗转日本、英国等国，试图说服各国政府，但均未果。康有为逃亡日本时，正赶上孙中山也在日本。孙中山想与康有为联合起来，共同反抗清政府，但康声称自己奉有光绪帝的“衣带诏”，不便与革命党往来，依然盼望着有朝一日能够解救光绪，在中国实行“君主立宪”。

康有为深知，要想营救光绪，还得依靠军事力量。1899年7月，在加拿大华侨领袖的协助下，康组织成立了保皇会，全称为“保救大清光绪皇帝会”。保皇会成立不久，便赶上光绪帝三十圣寿，康精心策划了一场声势浩大的“祝圣寿”。他领着数百华侨，长袍短褐，对着龙牌行三跪九叩大礼，遥祝光绪皇帝万寿无疆。在康、梁等人的领导下，保皇会先后筹款四十余万元。这些款项主要用于资助唐才常组织的自立军以及徐勤等人在广西、湖南等地的队伍发动“庚子勤王”运动，以期解救光绪帝，但最后被张之洞所镇压。

之后的康有为，暂时脱离了现实世界，把注意力转移到戊戌变法前的理想——重建儒学。1901年到1902年间，康有为先后完成了五部书：《礼运注》、《中庸注》、《孟子微》、《大学注》和《论语注》。这是康融会古今中外思想重建儒学的一个结果。其中最为典型的是《礼运注》，在这本书中，康有为正式将大同与小康之说（取之于《礼记·礼运》）与三世说（取之于《春秋公羊传》）相挂钩，为写作《大同书》奠定了根基。在这本书里，康有为还说孔子之道先是受损于荀子的武断哲学，继而又惑于刘歆的伪造，最后败坏于朱熹的偏见。结果，中国未能得到孔子之道的好处，只能停留在“小康”之世。

1902年，康有为写完了他一生中最重要的一部著作——《大同书》，构建了他对“新世界”的理想。他把三世说和大同、小康之道结合起来，又吸取耶稣教、佛教的平等、博爱的教义和资产阶级天赋人权思想，提出了人类走向大同世界的空想社会主义学说。全书从揭露人类所遭受的苦难入手，表达了他对社会黑暗腐朽的强烈不满。他以圣人自居，设计救世方案：大同社会是人类尽善尽美的境界，是人类最高的理想社会，一、没有阶级和种族之分，没有军队、国家和君主，全世界合立一公政府，管理全社会的生产及物质文化生活；二、取消家庭，男女平等，男女婚配只订交好合约，不再是夫妻，所生子女，由公政府抚养，人的生老病死都由公政府管理；三、没有私有财产，一切生产资料，无论工、农、商，一律归公有；四、科学技术和生产力高度发达，生产、运输机械化、自动化、电气化，人们的劳动时间大为减少，物质文化生活极其丰富。总之，大同社会是一个天下为公、人人平等、人人相亲的极乐世界。

不过，环境很快又改变了。1906年，清政府被迫实行新政。北京传来消息，说太后与皇上的关系已经和好，皇上开始参与新政。康有为得知后，欣喜若狂。认为现在朝廷自行变法，实行立宪，定可以扫除几千年来的弊政。如此一来，自己以后就不必再提什么解救皇上了。于是保皇会改名为国民宪政会，康有为积极上书请愿，出谋划策。但此时的清政府已经处在风雨飘摇之中，已没有心思，也没有时间采取他的建议了。