他与康有为、梁启超等维新派的关系也是如此。

1898年的戊戌政变促进了章太炎的觉醒，他的排满思想日趋强烈，开始对康有为等人的变法主张充满怀疑。但此时，章太炎的思想还没有形成一个独立的体系，无法与康有为的“今文经学 托古改制”思想体系相抗衡，甚至在某种程度上受到康有为思想的影响，这在他的《訄书》（1900年）初刻本中有清晰的体现。《訄书》初刻本以《尊荀》始，以《独圣》终，虽然抬出荀子来与今文经学家的尊孔相抗衡，但并不反孔。为缓和维新与排满之间的矛盾，章太炎在《訄书》中还设计了“客帝”与“分镇”两个方案。在《客帝论》中，主张虚尊孔子为“共主”，满洲皇帝则退居为“客帝”，掌握实权，推行变法；《分镇》主张在中央权力得到根本改善之前，加强各地方自治自卫能力，与列强抗争。

事态的发展很快就表明，章太炎的主张完全行不通。他意识到，他所冀望的维新派、“客帝”光绪、汉臣督抚李鸿章等都无力解决中国所面临的危机。

促使章太炎觉醒的第一件事，是戊戌政变后章太炎与梁启超等康门弟子的交往。戊戌政变后，章太炎因参与维新变法，与其他维新党人一道被通缉，先是逃往台湾，与梁启超等冰释前嫌后又来到日本，住在《清议报》馆。此时的梁启超虽一度萌发革命思想，但很快又追随老师康有为回到了“保皇”、“立宪”的老路上。在与梁启超朝夕相处的日子里，章太炎深感其思想已经僵化，落伍于时代。章太炎深信，没有武力，救国就是一句空话。

1900年，义和团起义，八国联军侵华。东南各督抚，如广州的李鸿章、武汉的张之洞、济南的袁世凯，拒绝接受朝廷的“乱命”，和列强实行“东南互保”①。八国联军进京后，慈禧带着光绪等人匆忙逃往西安。清政府的无能，让章太炎看到“客帝”纯属纸上谈兵，又因为李鸿章等督抚在《辛丑条约》签订后，见清廷仍旧存续，无意与之决裂，使章太炎认识到“分镇”的荒诞。

1900年7月，当唐才常在保皇会的资助下，祭起“勤王”大旗时，章太炎不再犹豫，明确宣布自己矢志反清，投身革命。1900年8月3日，为了显示投身革命的决心，章太炎毅然剪去长辫，脱去长衫，换上西装。

割辫之后，章太炎义无反顾地投入革命洪流，开始与改良派战斗。

1901年，章太炎发表了公开批驳改良派政治主张的第一篇论文《正仇满论》。此文发表于具有浓厚革命色彩的《国民报》上，对梁启超所谓的反对清朝统治就是“仇满”的观点给予反驳，并且认为只有通过流血革命，推翻满清王朝统治，中国才能发展为近代民主国家。这是中国近代史上第一篇公开指名批判清王朝和光绪皇帝的文章，一经发表，举国哗然。

1903年的《驳康有为论革命书》重申了《正仇满论》的观点，是章太炎公开向康有为宣战的第一炮。该文与他为邹容《革命军》写的序一同发表于《苏报》显要位置，煽动仇满、鼓吹革命，不仅沉重打击了康有为等保皇党的气焰，也把革命的矛头直接对准了清廷统治者。