章太炎与康有为、梁启超等维新党人的关系可以追溯到诂经精舍时期。当他第一次从老师俞樾那儿听到康有为“公车上书”和组织强学会的事时，就对康有为充满了钦佩。恰巧此时强学会正到处征召有志之士，章太炎被其富国强兵的宗旨所感动，毫不犹豫地寄出16元银洋，申请入会。1896年，《时务报》创办后，章太炎更是一期不漏地阅读。

章太炎一到《时务报》馆，就受到时任主笔的梁启超等的热烈欢迎。章太炎不负众望，很快写出《论亚洲宜自为唇齿》以及《论学会有大益于黄人亟宜保护》等文章。

《论亚洲宜自为唇齿》批评李鸿章联俄反日的做法，主张中国在自强的同时，应视日本为唇齿，共同抵御俄罗斯。章太炎之所以主张亲日，是出于他“黄种、白种，誓不两立”的种族观念，这是他少年所受“夷夏之防”思想的合理延伸。

《论学会有大益于黄人亟宜保护》一文则强调，当时最紧迫的任务是保护学会，选拔和任用人才，“以革政挽革命”。这与康梁等人“兴学会”、“开民智”的观点基本一致。

然而对维新思想的认同并不代表章太炎对康有为治学态度和治学目的的认可。早在诂经精舍的时候，章太炎就写了驳议数十条，批判康有为的《新学伪经考》。在《孔子改制考》中，康有为依据现实需要重新阐发孔子思想，希望通过重构儒学体系，为变法提供理论支持。章太炎则认为牵强附会，偏离了治学的本道。

在《时务报》馆期间，章太炎对梁启超等康门弟子尊康有为为圣人的做法充满鄙夷，说“这群康门弟子好比一群屎克螂在推滚粪球”。每次与梁启超、麦孟华等人论学时，都水火不相容。双方矛盾不断升级，最后竟至于一场群殴事件。

1897年4月的一天，与往日一样，章太炎在报馆的忙乱嘈杂中开始了一天的工作。麦孟华等康门弟子又开始吹嘘康圣人如何目光炯炯、长相不凡等等，极尽肉麻之能事。章太炎忍无可忍，高声插了句：“康有为能与孔子比吗？”章太炎此话一出，立即激怒了麦孟华，他抢到章太炎桌前，出手就打。章太炎也是不甘示弱之人，双方不由分说便扭打在一起。梁启超等康门弟子也喊叫着拥了上来，章太炎奋起还击，混乱中打了梁启超一个耳光。经此事件，倔强的章太炎愤然离开《时务报》。

离开报馆后不久，德国出兵强占了胶州湾，紧接着沙俄舰队驶入旅顺湾，其他各国也是虎视眈眈。面对如此危局，满清政府已经无能为力，章太炎决定上书李鸿章，因为李鸿章是当时最有名望的汉族大官。章太炎建议：一、以割让威海卫给日本为代价，联合日本，钳制俄、德，遏止瓜分逆流；二、雇用日本人为客卿，在税务、制造局等方面取代英、法等国。可是，信寄出后杳无音讯。这也难怪，李鸿章的联俄抗日之策，是甲午战败后的不得已之举。从章太炎的建议中可以初步体会到他论政的一大特色：立场鲜明、想法单纯。

1898年，经《时务报》馆老朋友夏曾佑推荐，章太炎被张之洞招入帐下。章太炎满心以为可以通过张之洞实现自己“依靠汉族督抚改变现状”的念头，所以高高兴兴地担任起《正学报》的编辑，撰文批驳康有为的今文经学理论。但他没有想到张之洞只是利用他与康有为的分歧，打压维新派。等到明白了张之洞的“中体西用”只是为了在清朝体制下稳健变法的时候，章太炎失望离去。