章太炎的“诸子学”则主要反映在《国故论衡》下卷，该书集中了章太炎在东京讲学期间对诸子研究的进一步深化。章太炎认为，诸子学说最具独立精神。他对于儒家所倡导的中庸之道尤为不满，直斥为矫言伪行的“国愿”。这一观点，成为五四新文化运动以前批判儒家最为犀利的文字，直接开启了新文化运动“打倒孔家店”的闸门。

为了进一步理解学问家章太炎，我们可以将章太炎与他的老师、同辈及后辈学人作一番对比。

章太炎继承了老师俞樾的治学方法和态度，但却不像老师一样只知埋头钻研学术。在他走向革命道路后，与老师发生了严重的冲突，于是写下《谢本师》，宣布与俞樾脱离师生关系。章太炎谢本师的举止，不仅表明了他在革命道路上义无反顾的追求，而且也揭示出他这一辈学人与上一辈的区别所在：并不是埋首书斋一心做学，满足于在学术上穷尽前人所不能；当民族面临危亡之际，救亡压倒了求学。为开辟一条新的救国之路，章太炎辈能够潜心钻研西学、佛学，将其与中国的旧学相结合。正因如此，章太炎辈的学问才能够超越前辈，产生更久远的影响。

在同时代的国学大师中，能够与章太炎相提并论的大概只有王国维。同样是学问成就斐然的国学大师，二人在思想立场上却有着泾渭分明的表现。王国维是一个远离革命漩涡，一意殉清的人，他认为大清朝“三纲六纪”的统治秩序是最好的，西方所谓的共和、立宪，都是不足取的。当北伐的大军即将彻底颠覆末帝的前夜，他怀着忠义之心自沉昆明湖。而章太炎一生积极主张反满，提倡民族革命，并且不惜以死相抗争。这死，与王国维的自杀谢国不可同日而语。在对国学的信仰上，王国维似乎比章太炎要更加坚定；但在对革命的理想上，章太炎的坚决又非王国维可比。

比章太炎晚一辈的学人，可选胡适与之对比。胡适曾称章太炎是清代学术史的押阵大将。胡适认为中国两千年来的学术著述史，只有七八种书够得上他心目中的“著作”资格，即必须系精心结构之作，具有周密的理论构架并自成体系。他将章太炎的《国故论衡》和《检论》归入。而且，照胡适的论定，中国两千年来的学问之才，章太炎占尽三成。与之截然相反，章太炎认为胡适没有学问，他说：“胡适所说《周礼》为伪作，本于汉世今文诸师；《尚书》非信史，取于日本人；六籍皆儒家托古，则直窃康长素之唾余。此种议论，但可哗世，本无实征……长素之为是说，本以成立孔教；胡适之为是说，则在抹杀历史。”为什么会有这种天壤之别呢？主要是两人治学方法不同。胡适受的是新式教育，走的是留学道路，所信奉的是西方的实验主义，没有国学家必须的经学出身和小学训练。

章太炎一生不仅勤奋著述，还积极讲学，传播国学。其生平比较集中的讲学有三个时期，第一个时期是1908年流亡日本，第二个时期是1913年被袁世凯禁锢于北京期间，第三个时期是晚年在上海、无锡、苏州三地讲学。他的每一次讲学都少长咸集，群贤毕至，少则数十人，多则数百人，造就了不少文字、音韵、训诂等方面的人才。

这其中，成就最为集中的是东京授业的一班弟子，后来他们皆成为中国新旧文化的翘楚。章太炎评价这个班的弟子们说：

弟子成就者，蕲黄侃季刚、归安钱夏季中（即钱玄同）、海盐朱希祖狄先。季刚、季中皆明小学，季刚尤善音韵文辞。狄先博览，能知条理。其他修士甚众，不备书也。恨岁月短浅，他学未尽宣宜。

黄侃是最为章太炎喜爱的弟子，在音韵训诂方面有很深的造诣，与章太炎并称“章黄学派”，其著述《音略》、《说文略说》、《声韵略说》、《文心雕龙札记》等被誉为传世之作；钱玄同从章太炎治“小学”，有非常高的古文经学造诣。后来在五四新文化运动中，提倡废除古文，自号“疑古玄同”，力主“文学革命”，成为“疑古学派”的精神导师；朱希祖后来成为我国著名的史学家，是北京大学成立史学系后的首届系主任，在促进中国史学走向近代，使史学成为一门独立的学科等方面，均有贡献。

章门弟子的学术成就，从另一个侧面反映了章太炎对于现代学术的影响。这批弟子（陈大齐、康宝忠、朱希祖、黄侃、钱玄同、周作人、马裕藻、朱宗莱、沈兼士、刘文典、鲁迅）民国初年自日本返国，都被罗致北京大学，代替桐城文人并进而转变了北京大学文科乃至民初学术之风，在确立中国现代学科领域和学术规范方面具有开创性贡献，成为近代学术风气演变的一大交会。