6月13日，章太炎突发高烧，体温高达40度。14日凌晨，从口中吐出鼻菌烂肉两块，病情已至弥留状态。

汤国梨、李根源（民国元老、同盟会员、章太炎国学讲习所的资助者）、苏迈尔医生围绕在病人周围。章太炎卧室门外的空地上，高高低低跪着国学讲习会的学员，他们每人手中举着一支点燃的香，低声啜泣着。

弥留之际，章太炎断断续续吐出两句遗言：“设有异族入主中夏，世世子孙毋食其官禄。”遗言与其父如出一辙。

7点45分，卧室中传出汤国梨撕心裂肺的哭喊声。弟子们知道先生走了，于是，低低的啜泣变成号啕大哭，悲声震天。

南京国民党政府得知章太炎病逝的消息后，于7月9日发布国葬令，称：

宿儒章炳麟，性行耿介，学问淹通。早岁以文字提倡民族革命，身遭幽系，义无屈挠。嗣后抗拒帝制，奔走护法，备尝艰险，弥著坚贞。居恒研精经术，抉奥钩玄，究其诣极，有逾往哲。所至以讲学为事，岿然儒宗，士林推重。

弟子们以不同方式表达他们痛失良师的哀伤之情。灵堂内悬挂着挽联：

素王之功不在禹下

明德之后必有达人

下署马裕藻、徐寿裳、吴承仕、周作人、沈兼士、钱玄同等六人。

在北京，章门弟子马裕藻、许寿裳、朱希祖、钱玄同、吴承仕、周作人、刘文典、沈兼士、马宗芗、黄子通等又单独举行了追悼会。他们曾发过这样一则《通启》：“先师章太炎发生不幸于本年六月十四日卒于江苏吴县，先生为革命元勋，国学泰斗，一旦辞世，薄海同悲。”当时，北京已经成了抗战的前线，因此，参加追悼会的人心中又有另一重哀伤。

和他那个时代的杰出革命党人一样，章太炎的一生都和日本相关。他们的革命大本营不得不建在这个邻邦，他们革命之后建立的国家最深刻的危机也是来自这个咄咄逼人的邻邦。章太炎死后坟墓的安危荣辱，也最终取决于这个邻邦的一个小小军佐。

七七事变爆发后，战火逼近苏州，后方变成了前线。章太炎的灵柩无法下葬，只好暂停放于苏州锦帆路章氏寓所后园的防空洞内。立张大千画章太炎像于墓碑，像下有马相伯题词：

前不见古人，后不见来者，念天地之悠悠，独怆然而泣下。录陈子昂诗。太炎先生像赞，叹吾道之孤也。九十叟马良。

1937年11月，苏州沦陷，日军闯入章家后花园内，看到后园内一座新墓没有墓碑，怀疑内埋财宝，一定要挖墓看个究竟。章氏留下的唯一一位老家人苦苦劝止，竟遭毒打。亏得有个日本军佐闻讯赶来，知道这新墓是章太炎的，便喝退了日军。过了几天，还亲自来祭奠了一番，并在墓旁立了一个木柱，上书“章太炎之墓”几个大字。从此以后再也没有日本兵来骚扰。

时光流逝，转瞬过了20年。

1955年4月3日，在周恩来总理的直接关怀下，浙江省人民政府正式为章太炎举行了安葬仪式。按照章太炎生前的遗愿，他的灵柩迁葬于杭州西湖边上，南屏山麓，荔枝峰下，紧邻抗清英雄张苍水墓。

生前，章太炎曾两次为自己选择墓地。民初被袁世凯软禁时选择葬在“攘夷匡夏”的明朝刘伯温墓侧。刘伯温因为抗元、匡复华夏而为后人所景仰。1936年国难危重的时候，章太炎选择了死后葬于抗清英雄张苍水墓侧。

张苍水明末起兵抗清，拥鲁王监国，赐进士，加翰林院编修，官至兵部尚书，抵抗异族斗争长达二十余年，宁死不为清朝子民。章太炎曾替《张苍水集》作跋，对张苍水推崇备至，有“余不得遭公，为执牧圉”之叹。紧依最敬慕的英雄之墓，章太炎大概也能笑慰九泉了。