1902年，皮尔庞特建立了一家航运托拉斯，旨在垄断北大西洋的业务，此举比摩根财团的任何举动都更加严重地引起英国人本能的害怕。这是美国新的出口导向的自然延伸。就在皮尔庞特刚成立美国钢铁公司时，有人问他是否可能把北大西洋的汽船队都归属于统一的所有权之下，他回答说：“应该是这样。”那时的航运情况使人想起早些时候的铁路时代——船太多，互相展开毁灭性的价格大战。德国人在威胁英国人的海上优势，而美国人认为他们应该从移民客运中捞到更多的好处。再说还有一股新时尚，富裕的美国人喜欢享受豪华舒适的大西洋越洋旅行。

皮尔庞特赤裸裸地宣称维护美国利益，他草拟了一份计划，要建立一个美属航运托拉斯，这将使他的“利益集团”原则，即某一工业竞争者之间的合作扩展到世界范围内。他建立了英美船队，拥有120多艘汽船——世界上最大的私有船队，即使法国的商船队也自叹弗如。从政治观点来看，他征服哈兰特-沃尔夫的贝尔法斯特造船厂和白星航运公司是关键之举。在新的托拉斯中，哈兰特-沃尔夫的皮里勋爵看到了他的船队可以稳稳到手的市场，但是布鲁斯?伊斯梅却对这笔交易顾虑重重，他的父亲是白星航运公司的发起人之一。皮尔庞特给白星的股东的发行溢价非常之高——10倍于1900年的最高收益，所以伊斯梅不仅继续做白星的总裁，还听了皮尔庞特的劝告，担当了托拉斯本身的总裁，该托拉斯称做国际商业海运公司。由于购买白星以及雇用伊斯梅，皮尔庞特还卷入了十年后的“泰坦尼克”号海难。

在创建一个托拉斯的过程中，皮尔庞特还从未被迫跟外国政府争斗。但随着融资规模越来越国际化，并越来越影响到主权利益，它就日益染上了政治色彩。皮尔庞特为了平息英国人的恐惧，游说了殖民事务大臣约瑟夫?张伯伦。

在西奥多?罗斯福任总统期间，皮尔庞特?摩根因在美国舞台上的作用而遭到了最猛烈的攻击。他的实力太雄厚，又高高在上，只有总统才能把他贬斥到凡夫俗子的境地。公众对他的反感很容易解释。华尔街随着这些托拉斯而繁荣起来。很多托拉斯总部设在纽约，与华尔街银行家的密切关系超过它们的各个分公司。特迪?罗斯福想要纠正政府与公司的权力不均现象，这样他就不可避免地与皮尔庞特?摩根发生了正面冲突。

虽然罗斯福-摩根关系常被描绘成反托拉斯分子与托拉斯大王之间的斗争，但事情远比这复杂。光天化日之下的争执掩盖了他们深层次的意识形态方面的相似之处。这在1902年5月的无烟煤矿工的罢工事件中就首先表现了出来。罗斯福想让军队来开采煤矿，需要摩根支持他建立一个仲裁委员会。特迪?罗斯福作为总统，很有见地采取了这一立场，而一般来说，总统更加典型的反应是破坏罢工。

即使是在托拉斯问题上，罗斯福与摩根也远不是死对头。罗斯福认为托拉斯是经济发展的自然的、有机的延伸。他说要阻止它们无异于试图堵住密西西比河。罗斯福和摩根都不喜欢19世纪的简单的个人主义式的经济，他们都喜欢大企业，他们都想促进美国进入世界市场。但是罗斯福认为大经济主义要求政府相应加强规章制度，可皮尔庞特认为这没有必要。他本质上是维多利亚式的绅士银行家，觉得商人间的信任、荣誉和自律就可以起到监督与制衡的作用。

然而皮尔庞特?摩根与特迪?罗斯福的关系的另一方面，可以从巴拿马运河事件中看出来。虽然罗斯福对国内金融力量过于强大猛烈抨击，可他在国外却感恩戴德地加以利用。1902年，国会批准罗斯福付给法国4000万美元，购买该国在巴拿马地峡未完成的开掘运河的资产。两年后，皮尔庞特为这个历史上最大的地产交易提供融资。他亲自到法国监督金条的运输工作，余下的金额用外汇付给了法兰西银行。特迪?罗斯福努力从哥伦比亚挖出一块地方，成立了新的巴拿马国。在收到美国的付款之后，巴拿马任命J.P.摩根公司为其在华尔街的财务代理，享有接受美国政府付款的专有权。摩根财团还办理巴拿马最大的单项投资：纽约市房地产价值600万美元的首批抵押。皮尔庞特在整个巴拿马运河秘密事件中起了重要的作用，后来一位传记作家称他是“罗斯福控制巴拿马运河的账房先生”。