对于这种状况，蒋梦麟非常担忧。费正清说，有一天“蒋梦麟于午饭前到我这儿来，我告诉他联合援华会遭受惨败之事。从外表看，他颇象梅贻琦——个子很高，身材消瘦，举止优雅，不过，他是个理智胜过情感的人。他们作为昆明高校的两位领袖，都是以其苦行僧形象著称的，是给人以深刻印象的人物。蒋梦麟近来没有为北大做什么。他已困难到山穷水尽，唯靠典卖仅剩的衣物书籍而维持生活，他的夫人现在正在设法寻找工作而他自己则回到昆明去担任中国最高学府的校长。跟梅贻琦相比，蒋梦麟的经济境况还稍胜一筹。梅夫人化名找到一个工作，结果被发觉，只得中辍。”

他还说：“当蒋梦麟博士向联大教授们宣布美国联合援华会支援中国高校教授生活费用计划不能实施时，遭到了听众们的强烈抗议。他们认为，鉴于‘租借法案’和他们自己的极端贫困，接受美国援助根本不是什么不光彩的事。他煞费苦心，竭尽全力阻止教授们发表抗议文字。蒋梦麟说，真正的核心问题是中国高等教育的骨干力量究竟能不能为了将来而被保存下来，中国究竟会不会在战争时期失去培育英才的教师队伍，从而陷于更大的混乱。他认为中国的高等教育所受到的损害已经极其严重了。”（同上，第271页）

这些话既表现出蒋梦麟睿智，同时也透露了他的无奈。也许正因为这种无奈，他才不得不把部分精力放在学校之外。抗日战争胜利前夕，他出任行政院秘书长，从此离开了他服务多年的北大。