1933年12月26日，在马路接头时，被警察逮捕。面对轮番的提审、调查，始终以法律赋予的沉默权应对。但这期间，基于对其他成员的调查“成果”，“特高”警察突然搜查日共的秘密活动据点，并从地板下发现了同为日共中央委员的小田达夫的尸体。对此，尽管日共方面坚持认为小田之死是“基于某种特异体质的内因性突发性猝死”，但警察当局还是编织了一个“某日，在某人家里，某某某等数名成员对小田的间谍嫌疑进行调查，因小田拒不承认指控，旋被施加暴力，致死亡”的故事，并对包括宫本在内的若干名当事者提出指控，此所谓日本现代史上的“间谍私刑查问事件”。（1978年，因同一指控被判有罪的?田里见被日共除名后，在《周刊新潮》上爆料说，小田确系暴力致死；翌年，日本著名评论家立花隆在《文艺春秋》上连载的《日本共产党研究》一文中，亦持类似观点。此乃后话。）

宫本被辗转收监，1940年开始公审。1944年12月，被战时的东京地方法院以监禁致死、尸体遗弃、违反治安维持法等罪名，判无期徒刑。翌年5月，向“大审院”上诉遭驳回，维持原判；6月，被移至网走刑务所。不久，日本战败。因系战时恶名昭著的“治安维持法”下的罪名，联合国占领军当局（GHQ）要求日司法省释放所有与此相关的政治犯。1945年10月，宫本获释。所以，日共真正从地下浮出地表，获得合法化，其实是从“终战”开始，也是拜美军所赐。

宫本被囚十二年，始终拒绝转向，其“不屈的斗士”的传奇经历，不仅成为助其在战后党内残酷的权力斗争中胜出的资本，也使党向更加现实、灵活的路线转型成为可能。因为古往今来，凡一党、一国的方向性转型，非有一定奇理斯玛（Charisma）效应的领袖魅力型人物所不能成就。不仅如此，狱中的宫本还演出了一场类似俄罗斯十二月党人的如泣如诉的革命爱情悲歌。

宫本夫人、小说家宫本百合子（Yuriko Miyamoto）在战后出版的自传体小说《播州平野》中，以日本女性特有的感性笔触记录了这个故事：“终战”翌日，女主人公“Hiro子”给被囚于网走刑务所的政治犯丈夫“重吉”写信，内容只有一行字：“你什么时候回来啊？我想写的只有这个。”万语千言，尽在不言中。

在后来结集出版的狱中“两地书”《十二年书简》中，百合子致狱中的宫本的信里有一首和歌如此写道：“渐渐地，自己的身子瘦得成了一根箭似的心情啊……”诉说着妻子希望像箭一般穿过网走的高墙的思夫之情，感人至深。日本情爱小说家渡边淳一对书信集推崇备至，将其评价为“爱的记录”。

1951年，百合子去世，年仅五十一岁。在后来长达半个多世纪的时间里，宫本显治孑然一身，晚年生活由日共中央派遣的工作人员和一名保姆照料。

战后直至50年代中期，宫本重回文坛，重操文艺批评旧业的同时，积极从事党务活动。1955年7月，在日共六届一中全会上，被任命为中央机关报《赤旗》的编委；1958年8月，在七届一中全会上，当选日共中央总书记，确立了在党内的绝对权威；1970年7月，在十一届一中全会上，当选中央委员会干部会委员长。

从1958年确立宫本体制，到退居二线的长达四十年的时间里，日共不顾来自苏联和共产国际方面的“打倒美帝国主义，夺取无产阶级红色政权”的策动，冒着来自北京的所谓“修正主义”的骂名，始终坚持“独立自主路线”，拒绝做莫斯科和北京的应声虫，先后与苏共（1964年）和中共（1966年）决裂。在宫本主导下的日共“主流派”看来，所谓“武装夺取政权”的“正统”道路不仅与日本的战后现实脱节，而且缺乏合法性，偏离民主社会的正义原则。