大约在清道光三十年（1850年）二月，洪秀全已于平在山穿起黄袍，令会众以见天子礼朝见。洪秀全性格毛躁，不通权谋，此举很快引起当地骚动，官府开始密切注意。于是萧朝贵代言天兄教训洪秀全要低调保密：“不可令外小见，根机不可被人识透。”

洪秀全频频在公开场合露面，自称天子，接受村民礼拜。杨秀清此时尚未做好起事准备，大惊失色，唯恐洪秀全败坏起义大事，于是杨、萧二人以天父天兄的名义下令冯云山陪同洪秀全躲到平南县胡以晃家中，不得公开露面，以免打草惊蛇。进入八月，三合会在广西，湖南边境发动大规模的起义，清军疲于奔命，正是起义大好时机，拜上帝教发布起义令，准备起事。不巧此时杨秀清身染重病（罗尔纲、郦纯等记杨秀清为夺权装病，但理由颇不通，故笔者不采此说。郦纯先生虽记其事也称证据甚牵强，存疑待解），无法指挥，于是决定起义事务由萧朝贵、韦昌辉二人负责。

因为杨秀清染病，同时各地赶赴金田的教众沿途受到清军和团练阻击，推进甚慢。萧朝贵以天兄代言人身份下旨，推迟起义五日，同时再度通过赖金英传谕洪秀全不得出头。“金英，尔说星兄（指洪秀全）、山兄（指冯云山）放草（心），万事有天父主张，天兄提当也。尔说星兄千祈秘密（保守秘密），不可出名先，现不可扯旗，恐好多兄弟不得团圆矣。近处团方，现匝住马。密谕远方兄弟预备，多买红粉（火药），声信一到，就好团圆也（《天兄圣旨》）。”

萧朝贵以天兄名义下旨，将全部经过训练的教徒约一万二千五百人，按冯云山成法，按军长统先锋长，先锋长辖百长，百长带营长的营规，统成一军。又推行圣库制度，将教徒财产全部公有，收归圣库，集中由上级分配。除韦昌辉，石达开等皆是自愿外，家财殷实的教徒多不情愿，圣库制在推行过程中出现不少过火现象，但如李秀成家等赤贫之人，则大为欢迎，许多乏食贫民，本不信教，此时也因拜上帝教平均配给食物而入教。“从者俱是农夫之家，寒苦之家，积多结成聚众……各实因食而随”（《李秀成自述》）。

旬日之间，各地会师教徒数万云集，具体如下：

一、金田本部教徒两千人。

二、紫荆山一带“烧炭佬”近三千。

三、石达开在贵县纠合教徒千余人，到桂平整编，又收客家武装四五千人。

四、平南县教徒在花洲聚集千人。

五、陆川县教徒在赖九率领下，击败知府所统军队，前来会合，其数当不在少数。

六、博白县教徒由黄文金等率领渡浔江而来。

七、秦日纲在贵县龙山招募矿工千余人。

八、桂平县饥民数千。

九、贵县与土著械斗失败的客家武装四五千人，为黄文金、秦日纲所收。

十、武宣县也有数千教徒会师前来。

到十月初一，杨秀清病愈，全面主持金田的军事工作。金田团营开始四下出动，频繁与团练和清军接战，小有斩获。广西清军准备镇压拜上帝教，候补知府刘继祖、桂平知县李孟群在新墟齐集兵马，水陆进犯金田，杨秀清指挥得当，清军大败而回。清军派出总兵周凤歧率黔勇二千进剿拜上帝教，同时遣“副将李殿元、署游击宋煜、署都司陶玉德带兵壮驻往，择要安营，实力协剿”洪秀全所在地山人村，团练也开始围攻。李殿元似乎并不知晓洪秀全藏匿于此，进攻力量并不雄厚，被胡以晃轻松击败，清军阵亡练丁四十八人，瑶丁八人。胡以晃乘胜追击，“焚花良村团长陈宗淮家”报复(《平南县志》)。

陈殿元在镇压三合会的战争中战功卓著，此时也欲彻底铲除拜上帝教武装。陈殿元擅能用兵，亲统主力近千人驻扎战线外围，张镛督团练扼住要地，监视胡以晃动向，而倪涛则亲统团练包围山人村。彻底切断了洪秀全、冯云山与金田总部的联系。洪秀全、冯云山危在旦夕。