在水面负责阻击的清军是张钊所部“大头妖”。张钊原来是天地会的“艇匪”，一度投奔过太平军，最后被清廷招安，成为广西清军水上最主要的战斗力。张钊并不打算认真消灭太平军，保留洪秀全的存在，他将拥有更多升官发财的机会。因此，太平军虽然布置强大的火力对付张钊的“大头妖”，但终于两军无战事。太平军以金银财物贿赂张钊，于是张钊放纵太平军大队人马安全离开。

太平军水陆并发，沿湘江而下，约在四月十五日抵达全州。太平军无意攻取全州，打算和平过境，迅速摆脱追兵，全州守军也不敢出城挑衅。太平军前队已过多时，不料全州一炮兵看见后队有一黄轿，知道是太平天国的巨头，忍不住放了一炮。这个炮兵确实是一个神炮手，仅一炮即命中黄轿，重伤轿内的南王冯云山。太平军全军愤恨，已过境的前队纷纷开回，定要血洗全州。太平军在城外江西会馆内开掘地道，炸塌城墙二丈有余，冲入城内，将城内官兵尽杀。

据清人的记载，太平军曾在全州屠城：“全州破，贼屠之，男女死者六千四百余人”，“积尸塞途，三日不尽”。如此赤裸裸的污蔑，自然又待我国历史学家来拆穿其谎言。据考证，清廷对太平军的污蔑最大的破绽在于，战前清军已经开城让百姓逃出，城内百姓只剩下一千多人。守城清军才四百，先前出城的百姓肯定都已安然无恙地从太平军严密设防的阵地穿行离开，怎么会有六千人遭到屠杀呢？足见屠城一说，纯属污蔑，何况当地的地方志中节烈人物名单里也没有多少人是被屠杀的。郦纯先生又进一步论证说，清军战后只点齐一千多具尸体，其中有七八百人是清军士兵，可见没有多少非战斗人员被杀，而且那些没有出逃的人，“是反动透顶与太平军为敌到底的反革命分子，即太平天国所谓‘妖’的一种，依太平天国法令在格杀之列”。因此全州并无屠城事件，对于清廷无耻的污蔑，我们不可不辨。

太平军在全州修整，打造征集船只二百有余，水师实力增强，陆军也因天地会部队来投，得到极大的补充。太平军积极准备进攻长沙，此时志得意满的他们还不知道，最可怕的敌人江忠源正在蓑衣渡严阵以待。