在回到七十七军后，曾多次暗中帮助新四军，如掩护地下党员、护送党的干部通过蒋管区，帮助新四军李先念部送军用物资，给新四军以枪弹、药品支援；筹款一万元，派地下党员项廼光送往李先念部等。

何基沣还曾根据八路军、新四军政治工作经验，写成改造旧军队的万言书，交给冯治安，冯就此事与张自忠通了气，把此事“隐”了下来。

何的活动、言论，引起军内一些反共人士的怀疑与攻击，并引起重庆的关注。张自忠赴重庆述职，蒋介石曾问及何，张自忠 极力为其辩白。

1939年底由于项迺光被捕叛变，何基沣也因送款给新四军一事受牵连，以涉嫌私通共军案将其调渝审查。张自忠、冯治安对何曾去延安、上万言书等事都秘而不宣，隐瞒下来，保护了何基沣。所以后来张自忠殉国，遗体运回重庆，正在接受审查的何基沣，不顾国民党当局的阻拦，赶到北碚，“叩棺痛哭”，誓言要为张总司令报仇杀敌。

抗日战争进入相持阶段后，国共关系逐渐恶化，但张自忠与中共仍保持良好关系，还曾聘请共产党员张执一为集团军总部参议；会见中共竹沟地委干部刘放，会谈合作抗日事项；规避蒋介石向新四军开枪的命令，从不与新四军发生冲突，始终坚持团结抗日的立场。一直到他殉国，三十三集团军始终未向新四军开过一枪。所以张自忠深受鄂北新四军官兵的敬仰。他牺牲后，新四军豫鄂挺进纵队派代表见一八○师副师长李百年（字树人）说：“因为张总司令对我们好，如果你们为张总司令开追悼会，请通知我们，我们一定要来参加。”