这一年五月中旬，太平军赖汉英部攻打南昌，江忠源向湖南求援。曾国藩和骆秉章奉旨派兵增援南昌，曾国藩由此而有了一个检验湘乡勇队战斗力的绝好机会。湘乡勇此前只是在省内镇压土匪，未曾与太平军这样的大敌交手。曾国藩想看一看，山农组成的勇队究竟能否经受战争的严酷考验，统领山农的书生是否敢于为建功立业的人生理想献出生命。曾国藩此时的心态，称得上一位头脑冷静的大帅，那些书生和山农的生死并不令他牵肠挂肚，他唯一关心的是这次实战试验的结果。

湘乡勇队在七月中旬抵达南昌，很快投入城外的战斗，在战斗最激烈的七里街攻打敌营。由于罗泽南轻敌上当，湘乡勇腹背受敌，这一仗打得很糟。但是领队的书生都不怕死，拼命搏杀，保住了湘乡勇主力。湘乡勇阵亡八十一人，其中包括罗泽南的四位弟子。

湘乡勇在南昌的表现令曾国藩大致满意。初次攻击劲敌，中了诡计，那是难免的。书生营官挺身迎敌，直至战死，保全了部队，说明军官和士兵都很可靠。曾国藩没有为死难将士掬一把眼泪，嘴角上浮现出若隐若现的微笑，既是为家乡人的血性感到欣慰，也是庆幸自己有了不可战胜的将士。

但是，曾国藩的建军过程绝非一帆风顺，咸丰三年下半年，他经历了一系列严峻的考验。首先是湖南提督（省军区司令）鲍起豹跟他作对，纵容绿营兵攻击乡勇。鲍司令手下的镇筸兵于八月六日夜晚掌号执仗，来到参将衙门，要加害塔齐布。塔齐布躲在菜圃草中，得以幸免。镇筸兵没有得手，为了解气，将他的居室捣毁。他们的气还没出够，来到又一村，要找塔齐布的后台老板曾国藩闹事。这里是巡抚衙门，曾国藩就住在旁边的射圃。镇筸兵闯进门内，眼看就要动粗。骆秉章见镇筸兵闹得太不像话，只得出来干预，饬令营兵散去，才算控制了局面。

堂堂二品大员，竟然遭到大头兵的人身威胁，曾国藩完全可以发作，向皇上奏参提督。可是他为了民兵事业健康发展，宁愿忍气吞声，把乡勇调到省城以外驻防，自己也于二十一天后迁移到衡州办公。

接着发生了湘乡勇内部的分裂。湘乡勇的创始人之一王錱在与曾侍郎的合作中，表现出自发性和自主性，对曾大人不够尊重。曾国藩不愿在集团内部听到有不和谐的声音，决定将个性强烈的王錱排除在集团之外。可是王錱在骆秉章的支持下，招募了为数不少的湘乡勇，作为省城的驻防军。作为湘乡勇的总头子，曾国藩觉得此事很伤他的面子，但他不便公开发作，只好把不愉快埋在心里。

第三件事情是湖南乡勇连续发生索饷哗变的事件，连江忠源在南昌的得胜之师也因争赏而解散了不少人。曾国藩眼睛里糅不得沙子，鉴于乡勇思想品质存在问题，他对组建乡勇大部队的可行性产生了怀疑。在江忠源急需湖南的乡勇增援庐州时，曾国藩却耽于内心的徘徊。

总的来说，对于曾国藩而言，咸丰三年下半年是一个非常郁闷的时段。但这并没有妨碍曾国藩组建他自己的野战军。这时曾国藩进入了第三阶段：确立终极目标。他做出了一个影响一生的决定：建立一支强大的水师，准备北进武汉，沿长江东下，直捣金陵，彻底镇压洪秀全的造反。朝廷的几十万正规军已经对付不了广西的造反军，曾国藩要另辟蹊径，完成无人能够胜任的剿匪大业。他的这个决定，也将对清末的军政格局发生根本的影响。

曾国藩排除所有的干扰，非常清醒地认识到，左宗棠、郭嵩焘、江忠源等人提出建立长江水师的主张，是组建湘军最重要的方针。他抓住了水师这个制胜的关键，在衡州与湘潭大办水师。他不断请求咸丰皇帝允许他准备充分以后再出师远征，他希望湘军利剑一旦出鞘，就能给人留下深刻的印象。