1524年，佩德罗?迪?阿尔瓦拉多（Pedro de Alvarado）打败了基切国王德功?乌曼（Tecun Uman），科尔特斯打败了蒙特苏马，制伏了阿芝特克人。尤卡坦玛雅人受尽折磨，他们的书籍在审讯的篝火中被烧尽。圣芳济会传教士宣扬玛雅宗教是异端邪说，必须消灭，玛雅的领袖经常受到虐待，然后以圣芳济会的传统方式被处死。1563年，在写给西班牙国王的一封信中说，梅里达（M　rida）一名叫做迭戈?罗德里格斯?壁班柯（Diego Rodr　guez Bibanco）的市民记录了对被控邪神崇拜罪的玛雅人民实施的“特殊措施和惩罚”，该市民被任命为“尤卡坦印第安人的保卫者”：

他们声称是正义使他们成为教会的审判员，手中握着生杀大权。他们干起新工作来劲头十足，凶狠残酷。用绳子蘸水对印第安人严刑拷打，在他们脚上绑上50磅或75磅重的石头，通过滑轮把他们吊起来，然后不断用鞭子抽打他们，直到鲜血从他们的肩膀和腿流到地上。除此以外，这些传教士还把滚烫的油脂涂在印第安人身上，把蜡烛融化的蜡油滴到他们裸露的皮肤上，就像对待黑人奴隶的惯用方式一样。在对他们施刑之前不需要任何证据，也不会寻找事实根据。这似乎是教训他们的方法。

新世界（New World)还有数以百万计的土著居民死于欧洲人传去的各种疾病。到了1600年，中美洲本土人口已经只剩了很小一部分。

这次不同文明间的冲突和世界以往经历过的任何事件都不同，对于玛雅人来说，这就像是来自天蝎座的舰队降落在白宫的草坪上，带来了外星人，面对着上百万吨的金子、铜，面对着土地垂涎欲滴。大部分文明可能已经随风而逝了，但是玛雅文明具有极强的恢复力，像柳树般随风而动，柔韧无比。任凭入侵者把它们的家园夷为平地，因此5 000年以后的今天，它们依然存在着。在一些重要领域，特别是在精神信仰和日历仪式的维持等方面，玛雅人从未有过对手。

多年之后依然在这里

需要澄清一个常见的误解，玛雅人并不是在9世纪星际空间的召唤下消失的。大约1 100年前，在科潘（Copan）、帕伦克（Palenque）、蒂卡尔（Tikal）、亚克锡兰（Yaxchilan）等伟大的城市衰败之后，由于贪婪、瘟疫和干旱，玛雅的不同群体分散开来然后消失了，他们踏上了寻找新家园的漫漫征途。他们背负着自己的文化身份和成就，就像肩上的重担一样，最后在新的地区搭起房子，如雉堞状的峡谷和危地马拉高地的高原。