1900年闰八月，孙中山发动对清廷的第二次打击，即庚子惠州之役。郑士良发难于惠州，屡挫清军，旋以外援不继溃退，此事早在这年的春天就在策划了。自从五年前的广州起义失败，孙中山和郑士良等人，便在策划新的反清武装起义。孙中山派郑士良前往广东惠州联络会党发动起义，又派史坚如到广州策动，他自已则从日本到香港，准备潜入内地领导起义。但香港殖民当局不准他登岸，只好又折回日本转渡台湾，打算再从台湾潜入内地。到了农历六月份，孙中山在新加坡，本欲联络康有为一起起义，反被康氏陷害，于是联络又流产了。孙中山先生于是回到香港，在商议之时，日本志士建议乘夜晚从九龙上岸，火速进入内地，以神风突击之势袭击广州。中山先生不同意此项策划，以为不过飞蛾扑火。到了公历10月8日，孙中山派日本志士山田良政赴海陆丰发动起义。八月十三日（1900年10月6日），郑士良在惠州三洲田（今深圳盐田区的三洲田）率三合会众六百多人起义，以黄福为元帅，郑士良、何松为参谋，黄耀庭、廖庆发、林海山为先锋，分两路出发。东路从马峦村、金龟洞出禾岗，打新圩，直扑镇隆，在佛子坳伏击清军取得大捷；西路从横岗出沙湾攻打兰花庙，大获全胜，进一步攻打深圳、南头受阻。东路义军在永湖、崩冈圩连战皆捷，势如破竹，22日乘胜进入三多祝，在白沙扎营，队伍迅速发展到两万人，其中不少是富有革命传统的当地客家人，声势浩大。后因形势急剧变化，原拟突击至厦门时获得接济的计划无法实现，后援不继，陷入困境，孙中山电令郑士良可自决进止，义军不得不解散，剩下千余洋枪手分水陆两路返回三洲田，至11月7日无奈解散。

此次起义半月内都很顺利，到了下旬，因粮食武器失去后援，被迫解散。从打击的力度来看如果粮饷充足，则事情很可能大有可为。起义军进击途中，孙中山先生曾紧急致函日本友人，谈到武器的问题有谓：“若今得洋铳万杆，野炮十门，则取广州如反掌之易耳。”义军解散后，郑士良率部分人马退回香港，山田政良被清军捕获，旋即杀害。孙中山先生称之为“外国义士为中国共和牺牲者之第一人”。

这次起义虽然失利，但对民间的观念大有影响。先是舆论对革命者称为乱臣贼子，大逆不道，多所咒骂；这次起义途中与民交流甚多，深得民心，所以失败后民间对此事大为叹惋，但恨其事不成。