此后，李密全力对付宇文化及，虽然经过几场大战，终于把这支势力逐出了中原，但是瓦岗军也元气大伤，付出了惨重的代价。李密本人更是在激战中被流矢射落马下，差点死于乱兵之中，所幸秦叔宝拼死保卫，才逃过一死。

就在李密大战宇文化及的同时，东都也发生了一场政变。王世充杀掉了元文都等人，架空了小皇帝杨侗，一手篡夺了朝政大权。

九月，李密与王世充不可避免地展开了一场终极对决。

由于东都缺粮已久，所以王世充亲率两万精锐，甩开李密，全力东进，准备抢占洛口仓。李密急命王伯当留守金镛城，率部于邙山南麓扎营，在此阻击王世充。

九月十一日深夜，王世充派遣两百多名骑兵潜入邙山，埋伏在李密大营附近的山涧中，准备次日决战时作为内应。

九月十二日晨，决战的时刻终于到来。王世充集合部队，向将士们高声喊话：“今日之战，不仅是争一个胜负，生死存亡，在此一举。如果赢了，荣华富贵自然到手；要是输了，没有一个人可以幸免。所以，这一战关系到每个人的存亡，不仅仅是为了国家而战，更是为了你们自己而战！”

正所谓哀兵必胜。此时王世充的军队已经落入断粮的绝境，所以对这两万名士兵来讲，奋力前进，打败李密，他们还有生还的机会；要是退缩，就算回到东都，无疑也是死路一条。所以，当这支背水一战的军队进至李密大营时，王世充一声令下，两万人便像离弦之箭射了出去，人人奋勇争先，拼死砍杀，其势锐不可当。

这一仗打得空前惨烈。

两军激战正酣时，王世充使出了早已准备好的一招杀手锏。

他事先找了一个相貌酷似李密的人，在这一刻突然将其五花大绑推到阵前，命人高呼：“已活捉李密！”士卒皆高呼万岁。瓦岗军见状，顿时士气大挫。紧接着，昨夜埋伏在此的那些隋军又忽然出动，直扑李密大营，纵火焚烧帐篷房舍。当瓦岗军看到身后冲天而起的火光时，意志瞬间崩溃，开始四散逃命，许多将领当即投降王世充。李密眼见大势已去，只好带着残部一万余人逃奔洛口。王伯当得知李密战败，也放弃金镛退守河阳（今河南孟州市）。

李密绝对没有想到，这一次逃亡竟然把他的人生彻底驱上了穷途末路。

他原本以为胜败乃兵家常事，不用多久他就能重整旗鼓、东山再起。可他错了，邙山之败已经给他的军事生涯和逐鹿大业彻底画上了句号，同时也给波澜壮阔的瓦岗历史画上了一个句号。

正所谓兵败如山倒。短短一天时间，瓦岗群雄投降的投降（如单雄信等人）、被俘的被俘（如裴仁基等人），一下子树倒猢狲散。驻守洛口仓的将领邴元真也暗中派人前去接应王世充的部队，准备开门迎降。李密闻讯，慌忙掉头逃往河阳。抵达河阳后，绝望的李密企图拔剑自刎，被心腹王伯当死死抱住。李密知道自己已经走投无路，最后只好带着余众二万人入关，向李渊投降。

一度如日中天的瓦岗寨就此覆灭。

瓦岗之兴，如丽日喷薄，刹那间照彻寰宇。

瓦岗之亡，如摧枯拉朽，一转眼烟消云散。

它之所以能够迅速勃兴，最主要的原因，是在于它拥有当时最顶尖的一批人才。如李密、徐世、单雄信、秦叔宝、程知节、裴仁基等等，皆一时之才俊。尽管瓦岗的草创者翟让本身没什么能力，而且安于现状、胸无大志，可他却有容人的肚量，因而能够吸引人才；此外，他还善于听取部属的正确意见，所以能够留住人才、善用人才，让每个人都有用武之地。