第一次世界大战的残酷杀戮还在继续，数以百万计的人在东线、西线和海上阵亡。爱因斯坦坚持不懈地为他的和平主义理想奔走呼号。德国则依旧沉湎于民族主义的迷梦中尚未清醒。这一迷梦四十年前由完成德国统一的首相奥托·冯·俾斯麦发起，一直到第二次世界大战后才真正终结。当德国皇帝威廉二世1888年就位时，他满怀扩张的野心，他很快解除了年老而政治上非常精明的俾斯麦的职务。德国人因此有了一位很想恢复往日征服者雄风的雄心勃勃的领导者，实际上威廉二世的能力有限，尚不足以带领德国人走向复兴之路。

由于长期的民族主义的熏陶，大部分德国人，不管是开明的还是保守的，在战争刚开始时都很支持战争。国家的领导者鲁莽地强加战争于他的人民，支持战争的信念还是如此广泛在德国社会中存在，人们深信战争是为所有德国的好处而发动的。然而，当战争进行到后来，大部分人又转而支持议和，从而或许希望能够避免失去任何土地。这时候，德国政府并不想让自己在本国人民面前看上去是个失败者，同时也害怕会爆发支持自由化政策的革命，所以硬着头皮继续这场战争。战争的发展让开明者分成好几个派别，其中许多人反对任何形式的战争，从此在人民当中种下了矛盾对立的种子。更糟糕是，德国经济因为战争受到巨大影响。政府已没有足够的枪支和军火储备，因此必须要雇佣化学家，如爱因斯坦的朋友弗利兹·哈伯，依靠他们的专业知识制造更多的装备、军火，同时也寻找由于战火变得稀缺的各种物资的替代品。物资匮乏已成了当时普遍存在的状况，主要原因是壮年男性大批参战造成的劳动力不足，这种匮乏在1916年导致了一场骚乱。

战争期间，爱因斯坦设法写信给居住在中立国瑞士的孩子们，告诉他们当战争结束，和平来临的时候会回去看他们。他试图增进与汉斯的感情，告诉不要太担心学校的功课：“不要太在意考试的分数。只要确定你自己的功课能够跟得上，没有必要再读一年同样的课程，实在没有必要在所有课程上都获得高分。”他还建议汉斯关于学习钢琴的事，让他多弹奏自己喜欢的曲子，即使老师没有布置也值得一试。他写道：“只有你感兴趣的事才能从中学到更多东西，在做自己喜欢的事时你甚至会为之废寝忘食，我就常常因为太专注于工作而忘了吃饭。”但他也表现出了父亲严格的一面，他指出汉斯在德文文法和拼写上的错误，对孩子回信中的错误拼写一点都不轻易放过，他说：“你的来信中还是有这么多书写错误，你必须小心不要再在这方面犯错误了，因为把单词拼写错了会给人很糟糕的印象。”最后他还告诫孩子们应该每天坚持刷牙。

1917年初，由于长期工作和家庭的压力，爱因斯坦患上了严重的肠胃病，短短的两个月时间体重减轻了56磅。这个肠胃病时好时坏折磨了他整整四年。爱尔莎很乐意照顾爱因斯坦。实际上，两人住得很近，爱因斯坦就住在爱尔莎所在的四层公寓的对面，两人交往非常方便，照顾起来并不麻烦。不过祸不单行，这年12月，他又因为腹膜溃疡再次卧病在床好几个月。病到重时，他甚至虚弱得无法向各种物理学杂志提交论文，只能求同事到他家取他的论文，代为转交约稿单位。

在瑞士苏黎世，米列娃过得也并不顺心，她的健康状况在恶化。她变得更加忧郁，由于腿部的伤痛，经常卧床不起，成为医院的常客，所以有时照顾孩子们对她来说有点力不从心。幸运的是，爱因斯坦的朋友海因里希·赞格尔和米歇尔·贝索常常帮助照料两个孩子。他们认为米列娃身心的问题都是爱因斯坦对她不好造成的，不过爱因斯坦只承认他负部分责任。从家庭的好朋友处得知，当时米列娃还是希望两人能够和解，但爱因斯坦已完全把心思放在爱尔莎身上，拒绝了她的要求。他意识到若想让米列娃此时同意协议离婚不太可能，便把离婚的事搁置起来。爱因斯坦也曾设想把汉斯带到柏林自己身边，又担心米列娃的反对。他把自己一半多的工资都寄给米列娃和孩子们，还有年迈的罹患胃癌的母亲保利娜。他一度很担心钱能否够用，因为德国马克在战争中对瑞士货币大幅贬值。不过，虽然在德国许多人正忍饥挨饿，在城市里好一点的食品非常缺乏，爱因斯坦还是能够从南部农村的亲戚那里获得一些食品，而海因里希·赞格尔则从瑞士给他寄来十分紧缺的日常用品。这些对他来说弥足珍贵，因为他的肠胃病特别要注意坚持恰当的饮食。由于这些来自朋友和亲人的帮助，爱因斯坦的病情还算没有恶化，能够支撑着继续他的科学研究工作。

至1917年10月份，爱因斯坦到柏林已三年半了，德国依然深陷于战争，德国威廉皇帝物理学研究院终于建成开张，爱因斯坦被任命为这个研究院的首任负责人。这个研究所的任务是促进德国的物理和天文学研究。就在赴任前几个月，爱因斯坦的病刚变得有所好转，能够离开病床参加一些专业会议，而且很快就能在柏林大学教授一些课程了。根据当初的协议，他并不必须去教课，一切全凭他的兴之所至。

1917年，德国开始向美国船只发起攻击，因为美国人向敌对的协约国运送大量的战备物资，美国从此也被拖入欧洲战事。协约国军队由于美国的参战如虎添翼，参战兵力增加到超过两百万人。到1918年，德国人对战争已越来越感到厌烦，因此对政府施加越来越大的压力，要求赶紧结束战争。当年，德国军队在东线对俄国取得一些胜利，但在西线遭受重大打击，很多德国军人已感觉到战争很快就要结束了。他们开始与交战的英法等国展开和平谈判，并最终达成一个停战协定。作为战胜国的英、法、美等国组成的协约国坚持要求，只有当德国承诺不再扩展壮大其武装力量，并放下武器撤回原来的国界的情况下，他们才能同意休战。战败的德国政府非常不情愿地接受了这些苛刻的条款，威廉二世皇帝在柏林被迫退位，第一次世界大战在1918年11月份终于落下帷幕，留下的却是交战双方数以百万计的士兵阵亡，更多人留下了终生的伤残和心灵的创伤。