不久之后，两位君主发生了内讧，克丽奥佩特拉被迫逃亡至叙利亚。公元前48年，克丽奥佩特拉在叙利亚纠结了一支军队，准备返回埃及复辟她的王位；她的弟弟兼丈夫托勒密十三世则在珀鲁修摆开战场准备迎战……

正在双方剑拔弩张之时，五十四岁的罗马铁腕统治者恺撒（GaiusJuliusCaesar），在与政敌庞培的军事较量中，将对方追击到了埃及。托勒密十三世为了争取恺撒的支持，叫重臣波希纽斯用计诱杀了庞培，割下他的头献给恺撒。但此举并未博得恺撒的欢心，因为恺撒不希望作为罗马人的庞培为异族所杀。可以说，这时候的恺撒对埃及将由谁来统治一点儿也不感兴趣，只要埃及同意成为罗马的行省他便可以回家了。因此，对埃及的内部纷争恺撒一开始就持中立态度，或者说一开始就非常漠然。

但是，克丽奥佩特拉在这关键的时刻投下了一枚超重砝码，那便是她自己——公元前47年3月，二十一岁的克丽奥佩特拉离开她在叙利亚的大本营，从海上悄然直抵塔尔塞斯。28日登陆这天，经过仔细沐浴后，令家奴在她娇艳的身体上涂遍香油，然后将她裹入一张地毯，在必欲置她于死地而后快的波希纽斯眼皮下，将这卷地毯大摇大摆地抬进了恺撒的营房中。当地毯徐徐展开时，素有色魔之称的恺撒在克丽奥佩特拉那美得令人心醉的娇躯面前彻底惊呆了，这位罗马的军事统帅嗫嚅着请求女王赐予他爱。紧接着，他们在尼罗河上度过了长达两个月之久的蜜月。

面对急转直下的政治局势，托勒密十三世和波希纽斯只能孤注一掷了：他们仗恃着埃及庞大的陆战部队，围困了恺撒只有四千人的罗马军团。恺撒被迫投身这力量悬殊的攻防战中。长达三个月的恶战差一点使恺撒遭受灭顶之灾，幸亏罗马援军及时赶到，扭转了战局。结果埃及军团被摧毁，波希纽斯被杀，托勒密十三世溺毙在这次失败的骚乱中。骚乱过后，克丽奥佩特拉独踞了埃及王位，并为恺撒生了个儿子叫恺撒里昂（Caesraion）。