鉴于开放性与安全性之间的突出矛盾，特勤局只是在后来才想到要把保护总统纳入其职责范围的做法也就不足为奇了。1865年7月15日，刚成立的特勤局是财政部的一个下属部门，其职责是追捕假币制造者。当时的美国，每个州都有自己的货币，分别由一千六百个银行印制。流通中的货币有三分之一都是伪造的。

极具讽刺意味的是，林肯生前最后一次职权行为就是批准了成立特勤局的法案。第一任处长是美西战争的老兵威廉·P.伍德，他是当时的战争部长埃德温·斯坦顿的朋友，同时也是老国会监狱的典狱长。

特勤局的第一个追捕目标是威廉·E. 布罗克韦。他伪造的千元面值国库券达到了以假乱真的程度，连财政部都赎买了他的七十五张假券。伍德亲自出马，一直追踪到布罗克韦化名隐居的纽约，并把这位“假币之王”送进了监狱。

到1867年，特勤局基本上已经成功地把假币猖獗的势头打下去了，同时他们也收获了了来自媒体的赞誉。

“那些职业罪犯对特工们真是闻风丧胆，”《费城通讯报》写道：“特工的追捕行动是无情的，他们真正做到了活要抓人，死要见尸。”

由于特勤局的突出成绩，国会开始给特工组织的高层下达命令，委派他们执行更多的案件调查工作，比如针对政府的欺诈活动。在1894年，特勤局调查了一起企图暗杀总统格罗弗·克利夫兰的阴谋，活动的一伙策划者来自科罗拉多州的，被称作“西部赌徒和无政府主义者”的人。尽管没有接到任何指令，特勤局特派了两名调查此案的特工去保护克利夫兰总统。有时候，这两名特工会架着一辆轻便马车跟在总统的大马车后面。不过一些政敌借此抨击了总统，结果克利夫兰要求撤掉特工们的保护。

可是接下来，写给总统的恐吓信数量不断增加，克利夫兰夫人出于安全考虑最终说服了他在白宫增加警备。负责安保的特工从三名增至二十七名。1894年，特勤局开始非正式地为总统提供保护，包括负责总统出行时的保卫工作。

可是这种改善并没能对下一位总统威廉·麦金利的不幸经历产生实质性影响。当然，虽然和林肯、加菲尔德一样经历了暗杀，被里昂·F·佐古兹射杀时，麦金利总统身边毕竟还是有护卫的。这天是1901年的9月6日，麦金利出席了设在纽约州水牛城音乐厅的泛美博览会的招待宴会。数不清的市民像潮水般涌来，站在长长的联邦警察和军人排起的人墙后面，试图同总统握手。当二十八岁的无政府主义者佐古兹混进人群中靠近总统，并用那把藏在手帕里的手枪向麦金利连发两枪时，两名特工就站在离总统不到三英尺远的地方。凶手射中了麦金利的胸膛和胃。八天后，总统因败血症去世。