黑死病使中世纪的医学实践颇感挫败。当瘟疫开始横扫欧洲的时候，医学理论却仍然有赖于伽林阐释的经典的人体概念。根据伽林的观点，人体有四种体液：血液、黏液、黄胆汁和黑胆汁。每种体液都代表着一个器官：黏液源于大脑，血液源于心脏。良好的健康状态就意味着某个人四种体液处于平衡状态。疾病则需要医生通过放血或者使用可以控制某一体液的草药将体液调至平衡。进入17世纪，医学更多地还是理论的而非临床的，是一种哲学式的而非实验性的科学。

那些由于人类的健康问题而受责难之人的回答是绝对不成功的，虽然这更加重了整个欧洲的普遍的绝望情绪。数以百计的医学论文中没有一篇对这场瘟疫的原因进行了正确的鉴定。几乎没有一篇论文看到瘟疫爆发与爆发前发现的堆积的啮齿动物的尸体之间的因果联系。论及原因，大多数评论家都赞同星象论或环境论。星象论认为三高星——火星、木星和土星——进入宝瓶座使空气污浊，同时将有毒物质带入了心肺。环境论则认为1345—1347年间的一系列地震释放出有毒的地心气体。另外还有一些人将瘟疫归咎于南风和气候转暖。

在中古后期，草药师和其他医药爱好者建立了使人们可以买到药品的药房、商店。药剂师负责调制并且研究药物。在13世纪末，一位对医药感兴趣的化学家维拉诺瓦的阿诺德（Arnald of Villanova），研究了复合药物的定性效果，并借鉴了9世纪阿拉伯哲学家阿尔基缔（Alkindi）的著作，成为第一个将呈几何级增长的药物数量与呈算术级增长的药效联系起来的人。(Scala/Art Resource,NY)无论这些假定的解释如何，所有人都明白，一般意义上的医生不能治愈他们，因为瘟疫像带走无知者一样地夺去了有学识的人的生命。在中世纪的医学等级中，“内科医生”是大学培育出来的，通常也掌握扎实的神学知识，他们的地位高于“外科医生”，并且与之分开工作；而后者则与“工匠”地位接近（理发师的灯柱，传统上皆为红白相间，总是使人记起外科医生将染血的布片挂出晾干的年代）。药剂师的地位本低于内科医生，但由于他们了解不同药物和草药的特性，这种神奇的知识令他们受到外行人的尊敬。药剂师也是商人，因为他们也贩卖香料，而且他们因为相对富有而被列入社会上层。其下的所有人都是非专业的，他们要价很低，在失败中寻求解决问题的办法。他们最早被发现于乡村，可能了解一些源于经验的“土方”（country remedies），但也可能依据某些过时的知识。这个群体中多达20%的人是妇女，她们主要充当助产士、草药师以及病患的陪伴。

瘟疫危机和随之而来的对治疗方法的寻求导致了医学的专业性进步。当老一辈医学权威在瘟疫中消失后，其他医生取而代之。外科医?取代了传统的内科医生。1390年，巴黎大学医学院一视同仁地邀请外科医生加入学院。行外民众也开始要求用本国语言来撰写医学论文，以便患者可以尝试了解自身的问题。医院的功能也在以后的三个世纪中发生了缓慢的变化。它们在很大程度上是服务于贫穷患者的慈善机构，后者的家庭无论在财力和人力上都不能照顾他们。因此，患者之所以来医院，主要不是因为其病情——即使最绝望的病患在19世纪以前都是在家中被照料的——而是因为其亲属的境况。然而，这些医院日益出现了现代医生的雏形，即那些为挣薪水而照顾病人的当地医生和医治者。也许最重要的?，人们试图将在瘟疫中病倒的患者或某些陷入无形病痛的人与那些陷入有形病痛之人分开，例如骨折病人或其他受伤之人。

从14世纪中期到15世纪末，日复一日地，没有人知道自己将会活着还是死去。虽然影响到宗教信仰、社会组织和实验科学的发展，但周而复始的瘟疫也给人类以教训，使世人了解人类在自然面前的无助。那些在瘟疫中幸存下来的人们也许景况更好一些——人口数量减少，工资因劳动力稀少而提高，许多受限制的封建主义的残余不复存在——但是，正如当时的诗中所指出的，这个世界对多数人而言是完全颠倒的。

14世纪尤其可怕的是，甚?气候也转而与乡村人口作对。在更早的地球气候大变动期间，当时的瑞典可以种小麦，纽芬兰岛则生长着葡萄，欧洲度过了一连串潮湿的年代，谷物腐烂、恐慌、饥荒和死亡在乡村非常普遍。卫生条件普遍缺乏，即使在宫廷也是如此。即使没有瘟疫，疾病也是事物的正常状态，因为人们还不懂得消毒，简单的伤口也很容易导致死亡。甚至在预期中的纯真的儿童时代也毫无乐趣，因为虽然富有的孩童拥有玩具，但多数玩具都只是缩微版的成人，而且孩子早在十几岁之前就被期待能像大人一样行事。

历史上没有哪一次行动不带有反作用力，而且也极少有灾难没有导?有益的变化，黑死病以后医药知识的增长正是如此。有一个群体深受裨益：即中产阶级妇女，尤其在英国，她们经历了学者们所称道的“1370—1470年间的黄金时代”。妇女能在社会中处于更稳固的位置，部分是源于人口的锐减，这使得妇女的工作、知识和财产都变得更有价值；部分是由于社会变化。在这个时代以前，妇女在法律上只被视为丈夫身体的一部分，但是现在寡妇已经可以打破这一习俗。她们能够制定遗嘱，特别是在伦敦，她们可以继续丈夫的生意，并占有家庭房产（而在更早些时候和其他地方，寡妇必须在40天之内将死去的丈夫的房屋腾空），她们可?加入社会和经济生活，加入基尔特、公司以及兄弟会，尽管她们被排斥在这些组织的政治活动之外。某些妇女——例如，制革匠人的遗孀——不得不为了在行会中保留一个位置而斗争，并且很少被准许加入行会，但总的来说，“伦敦的习俗”的准入日渐增加。