这些发生在机体里的不同障碍直接或间接地影响着肝脏的表现——特别是，在机体受到肝结石或胆囊结石的困扰时。在这些器官中存在数以百计的结石或其他滞留的有机或无机物，对体内的正常机能将会产生巨大的干预，譬如食物消化、体内废物的排泄及通过血液分解有毒物质等生理过程。通过缓解肝胆管及胆囊内部的充血，机体内大约60到100万亿的细胞将能“呼吸”到更多的氧气、吸收到更充足的营养、更有效地将新陈代谢的废物排出体外，以及更好地维持与神经系统、内分泌系统及身体其他部分的联系。

几乎每个受到慢性疾病困扰的病人在肝脏中都存在多达一定数量的胆结石。医生可以简单地通过让他的病人做肝脏清洗术来证实这一切。结果将会清晰地呈现出，至少一种特定的肝脏疾病会被发现，而通常情况下，这个充满活力的器官很少被人们认为是其他疾病的“罪魁祸首”。肝脏里多数的胆结石的组织成分被发现跟胆汁的成分一样无害，主要是由胆固醇构成的。相当数量的结石都是由脂肪酸及其他胆管排出的有机物质构成的。事实上，多数这样的结石只是一些胆汁的凝固块或有机物，所以在它们能在X线检查、超声波及计算机X射线断层等临床诊疗技术中“遁形”。

情况有所不同的是，在胆囊里存在多达20%的结石是完全由矿物质、大量的钙化盐和胆色素构成的。上述的诊疗技术可以轻易检测出胆囊里这些硬化的、相关的大型结石，而检测不出肝脏里存在的相对软化的、非钙化的结石。只有在大量的胆固醇结石（其成分85%-95%为胆固醇）或是其他脂肪结块堵塞了肝胆管，临床超声技术才能检测出并诊断为“脂肪肝”。在这种情况下，超声图片显示出几乎整个肝脏都变成白色的（而不是黑色）。而一个被脂肪化的肝脏在其严重受阻及功能衰退前可能已经聚集了多达20000个结石于其内。