据说，魏忠贤打算将自己侄孙带入宫中，然后让宫中的某一位妃子假称有孕，最终扶持魏家的子孙登上皇位，篡夺天下。但是魏忠贤偷梁换柱的手法必须得到后宫至尊张皇后的相助，或者起码是默许才有可能成功，但张皇后不受任何威逼利诱，毫不含糊地拒绝配合魏忠贤。她义正词严地说：“从命亦死，不从命亦死，等死耳。不从命而死，可以见列祖列宗在天之灵！”

所以，朱由校驾崩时，魏忠贤还在犹犹豫豫，并没有立即公布天启帝的死讯。第二天，大臣们从各种渠道得到了皇帝的死讯，纷纷赶到宫门要求入宫行哭灵之礼，却遭到宫廷守卫太监的阻拦。太监们的理由是大臣需要穿戴丧服才能行哭丧大礼，于是大臣们又纷纷跑回家换上丧服赶过来，再一次遭到太监们的阻拦。太监们说朱由校还没穿好入殓的衣服，于是百官在宫门外又等了小半天。最后，魏忠贤还是在明朝皇权面前妥协了，准许百官进宫哭祭朱由校，这也意味着魏忠贤先前篡位阴谋的终结。

朱由检虽然凭着明朝既有的权威坐上了皇帝宝座，但并没有真正掌管朝政，只有将权力从魏忠贤手里夺回来，他才能算是真正意义上的皇帝。失去了熟悉的朱由校，面对陌生的朱由检，魏忠贤的权势基础不再像以前那样牢固了，尽管还掌握着巨大的权力和党羽集团，魏忠贤也不敢再过分张扬了。他感觉到自己权力威胁的存在，开始了与朱由检的较量。

年轻的朱由检非常冷静，以不变应万变。毕竟他是最高权力的象征，魏忠贤的权力从根基上是来源于最高权力的，这是他最大的法宝。魏忠贤也清楚这一点，但还是先沉不住气了。当时全国各地建造魏忠贤生祠的活动已经完成或者正在进行中，魏忠贤见新皇帝没有对这事表态，就在9月25日自己上了一道《久抱建祠之愧疏》，奏请停止为他建造生祠的活动。朱由检只是简单地回复说：“以后各处生祠，其欲举未行者，概行停止。”新皇帝借力打力，毫不张扬，但清楚地表明了态度，遏制了朝野上下对魏忠贤的个人崇拜。朱由校的奶妈客氏是魏忠贤的对食（宫中类似于夫妻的太监和宫女的配偶），现在朱由校死了，客氏就没有理由继续留在宫中了，不得不申请出宫。朱由检毫不犹豫地将客氏客气地“请”出了皇宫，这是对魏忠贤在皇宫内的势力的直接打击。这两个回合，朱由检都是按照正常游戏规则出牌。

朝廷中反魏忠贤的势力按捺不住了，最先发动了对魏忠贤集团的旁敲侧击，都察院右副都御史杨所修上书弹劾魏忠贤党羽。兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、太仆寺少卿陈殷、延绥巡抚朱童蒙等人的父母都在他们任职时去世。按例，他们应该辞职回乡守孝，但朝廷都酌情将他们留任。杨所修认为这有悖于“以孝治天下”的原则，希望皇上批准他们辞官回家尽孝。顺带着，杨所修也批评吏部尚书周应秋在这件事情上没有恪守职责。按例，官员遭到弹劾要主动停职待罪，于是崔呈秀、李养德等人都陆续请求辞官，周应秋也请求罢官。就在大家把目光都聚焦在朱由检身上时，新皇帝下达谕旨对崔呈秀等人表示安慰与挽留，谴责杨所修轻妄乱动，诋毁大臣。

朱由检按部就班，不动声色的表现反而让魏忠贤慌了起来。魏忠贤始终是依附于皇权的太监，如果皇帝真要惩治太监，太监的选择余地极小。除非是造反，否则就是坐以待毙。魏忠贤还不具有造反的能力，现在又失去了客氏的后宫支持，于是他就出了一个昏招。他决定投石问路，让心腹太监王体乾提出辞呈。王体乾是秉笔太监，负责奏章的批红答复。朱由检对王体乾好言慰留，还勉励他继续为朝廷服务。

魏忠贤的这一招将斗争的主动权让给了朱由检。崇祯皇帝从容不迫地见招拆招，沉着应对，而魏忠贤一党只能消极防备了。太监集团的权力最终是要通过王朝的文武官员体现出来的，作为被局限在宫中的太监，如果没有宫外官员的支持，他们最终还是掀起不多大的风浪。为了自身利益，官员们会在奸臣和皇帝之间选择效忠的对象。当朝野上下看到宫廷斗争的主动权转向的时候，官员们的政治态度也开始转变。大家纷纷转向效忠朱由检，以至于魏忠贤党羽内部也出现了瓦解，一部分官员开始倒戈。