最先攻击魏忠贤的是太监集团的重要成员 御史杨维垣。杨维垣将兵部尚书崔呈秀当做替罪羊进行了大义灭亲的表演，他连续两次弹劾崔呈秀“贪淫横肆”“立志卑污，居身秽浊”。他用详细的资料证明了崔呈秀是一个臭名昭彰的贪官，人称“悬秤卖官”，也就是说崔呈秀像小贩一样将兵部的官职叫卖出去。杨维垣第一次弹劾的时候，朱由检不置可否。后来见弹劾证据确凿，言辞激烈，朱由检准许革去崔呈秀的兵部尚书一职，令他回乡守制。

崔呈秀的去职标志着魏忠贤集团开始瓦解，官员们纷纷见风使舵，争先恐后地抨击昔日的九千岁。10月22日，工部主事陆澄源直接弹劾魏忠贤，此后，弹劾魏忠贤的声音此起彼伏，成了崇祯朝初期的重要政治风向。在接连不断的弹劾面前，魏忠贤压力越来越大，终于在1627年10月27日向皇帝提出了“引疾辞爵”的辞呈。意思是请求辞职养病，计划以退为进。

朱由检只简单批复：“许太监魏忠贤引疾辞爵！”然后直接命他去白虎殿为天启皇帝守灵。魏忠贤接受了这个任务，可能是希望给自己一点时间缓和压力，东山再起。然而他忘了，太监离开了宫廷，也就离开了权力。魏忠贤刚走，针对他的攻击就更加猛烈。树倒猢狲散，魏忠贤党羽土崩瓦解。朱由检“顺应民意”，随即将魏忠贤贬向朱元璋老家凤阳的祖陵司香。客氏则被送到后宫浣衣局洗衣服，后来自尽。紧接着，魏客两家的家产又全部被查抄。

在发配路上的魏忠贤招摇惯了，一行经由良乡、涿州、新城、任丘、河间、献县，沿途还带着40辆车的财宝和一千余人的队伍。11月6日，抵达阜城县南关，在南关的旅馆中，魏忠贤接到了人生中最后一道圣旨。夜里，随从作鸟兽散，魏忠贤自尽于悬梁之下。

这一切距离朱由检的上台还不满百日，小皇帝取得了彻底的胜利。朱由检乘胜追击，下令磔魏忠贤尸体于河间府，追斩崔呈秀于蓟州，将自杀了的客氏重新凌迟。魏忠贤的势力盘根错节，直到崇祯二年三月，针对魏忠贤的清算工作才正式告一段落。在明朝案卷上这一大案被称为“阉案”，在偏居东南的南明时期，明朝的士人官员还在清算“阉案”。