然而，孙文在北上途中，肝病突然急剧恶化。抵京后，经协和医院专家会诊，结论是“肝脏痈伤”，即晚期肝癌。

1925年1月26日，孙文被抬进了协和医院手术室。但医生们把他的腹部切开后，发现肝脏坚硬如木，无法施行手术。切开的伤口又被匆匆缝合上了。

药石无效，群医束手。2月17日，协和医院宣布放弃治疗。孙文搬到铁狮子胡同行辕静养，改用中药治疗，最初似乎有点小效，但很快便回天乏术了。二十多年来，孙文一直致力于推翻北洋政府，但最终却倒在北洋政府的老巢，静候死神的降临，人生还有什么比这更残酷的结果？

孙文病危时，鲍罗廷约汪精卫、马超俊到苏联使馆见面。鲍罗廷开门见山地对汪精卫说：“孙先生的病已经绝望了，今后中国国民党的领袖，除了你更有谁敢继承呢？” 汪精卫且惊且喜，顿感责任重大，心情愈加凝重了。

3月初，孙文的精神已极其衰弱，他对侍疾榻前的汪精卫、孙科、邹鲁等人说：“吾若留下说话给汝等，诚有许多危险。当今无数敌人，正在围困汝等，我死之后，彼辈更将向汝等进攻，甚至必有方法，令汝等软化。如果汝等不被敌人软化，强硬对抗，则又必将被加害，危险更大。故吾仍以不言为佳，则汝等应付环境，似较为容易也。”

当时大家都没有听明白，孙文所说的敌人指谁，谁能够软化这些“追随先生，奋斗数十年，从未被人软化”的响当当革命党人？邹鲁后来说：“当时我们听了，有些莫名其妙；由今看来，知道总理已经看穿汪兆铭要被敌人软化了。” 弦外之音，孙文所说的“敌人”，乃指苏联与中共。

但这只是他一家的训诂。国民党的敌人多得很，北洋军阀、帝国主义、买办阶级、土豪劣绅皆是，更有陈炯明陈兵于东江，邓本殷负隅于南路，杨希闵、刘震寰反侧于肘腋之下。孙文所说的“敌人”是指他们吗？3月10日，国民党中央执行委员会，根据汪精卫等人从北京发来的电报，作出开除冯自由、马素、江伟藩等320名“右派”党员党籍的决定。如此大规模开除党员，而时间就在孙文逝世前两天，或者，孙文所说的“敌人”是指他们？

孙文至死没挑明，这成了永远没有答案的问题。

3月11日，孙文强打精神，在由汪精卫、孙科等人起草的遗嘱上签了字。随后，他突然面呈喜色，对身边的人说：“吾久为恶魔所扰，然今者吾已悉驱而去之矣。吾明晨将行，行时当有天使来迎也。”时左右及家属，闻此皆为之悚然。

当天在铁狮子胡同上空，突然出现成千上万的乌鸦，密布天空，盘旋聒噪。据马超俊形容，“群鸦飞集益多，行馆全为遮黑，顿时不见天日”。梁启超来探访孙文，竟被乌鸦袭击。 暗示伟人将逝，天呈异象。

孙文又对大家说：“我这次放弃两广北上，实为和平统一而来；我所主张的统一方法，就是开国民会议，实行三民主义、五权宪法。现在为病所累，不克痊愈。生死本不足念，惟数十年致力国民革命，所抱定的主义，未能完全实现，不无遗憾。希望诸位同志努力奋斗，使国民会议早日开成，达到实现三民主义、五权宪法的目的，那我死也瞑目了。”

他再一次使用了“放弃两广”这样的措词，足令言者伤心，闻者落泪。

最后孙文长叹一声又说：“我死了以后，四面都是敌人。你们是很危险的，希望你们不要为敌软化。”

3月12日，清晨。孙文神志逐渐模糊，不断呓语，并用英语与粤语呼“和平、奋斗、救中国”。上午9时30分，一代革命元勋，魂归道山。

孙文逝世后，国民党中央执行委员会组织治丧委员会，以汪精卫为主任委员，19日，举柩至中央公园社稷坛大殿。护灵致哀者多达十余万人。“灵榇所到之处，高呼口号，声震遐迩。花圈挽联，布满通衢”。天下缟素，今日是也。20日后，在中央公园祭奠，瞻仰遗容者，有数十万民众。

镇悲风寒日萧萧起，算此日，真归矣。4月2日，移灵于西山碧云寺。“是日参加执绋者十余万人，民众扶老携幼，罗列于天安门至西直门，以迄燕京大学途中；尤以青年学生、军人及工人为多，途为之塞。”

孙文去世了，一座山倒下了，一个时代结束了。