这次改官制的要角，是掌握北洋大权，同时在中央兼参预政务处大臣、督办商务大臣、督办邮电大臣、会办练兵大臣等数项重职的袁世凯。自戊戌政变后，袁世凯深得慈禧信任，同时他以巨金贿买了实权在握的领衔军机大臣、庆亲王奕劻，而他在北洋的新政又颇有政绩。此次朝廷谕令包括袁世凯在内的十四位王公大臣共同制定改官制的方案，袁虽排名最后，但他因有奕劻支持，同时在负责官制改革机构“编制馆”的关键岗位安插自己的党羽，编制馆的所有文件起草和建议方案最后都要由他阅定。

经过一个多月的准备，由袁主导的官制改革方案出台。由于是为立宪预备，所以对官制的改革较为全面。除合并了一些不太重要部门外，还将原来的内阁、军机处、吏部、礼部、都察院全都撤销，而新成立的机构则有资政院、行政裁判院、集贤院、大理院、审计院等，而最重要的，是成立新的、大权在握的“责任内阁”以取代军机处。袁世凯与奕劻议定，由奕劻出任未来的内阁总理大臣，他任副总理大臣，各部大臣由总理大臣推荐，内阁尤其是总理大臣、副总理大臣代替皇帝负责任，皇帝发布谕旨须经内阁副署，若未经内阁副署则不发生效力。这样，皇帝的用人和行政大权统归内阁手中。袁氏想掌中枢大权之野心，几不掩饰。

此案一出，官场风波顿起，众臣几乎群表反对。反对主要来自两方面。一方是以军机大臣铁良、荣庆等为主角的满族亲贵。取消军机处，尽管他们可能另外任职，但权力毕竟要大大削弱。而且，袁有王公、贝勒、贝子等不实际干政，待上议院成立后让他们充当议员的设想，也使这些公、子们愤怒异常。在一次会议上，醇亲王载沣竟拔出手枪直抵袁世凯胸前大声说：“尔如此跋扈，我为主子除尔奸臣！”经奕劻调解，方才作罢。由于传说内务府也要裁撤，所有太监都要裁去，有次袁世凯下朝时百余名太监将他团团围住大声谩骂，有的甚至挥拳要打，几成围殴之势。袁世凯招架不住，急忙大呼奕劻过来为其解围。经奕劻百般劝解，并保证绝不裁撤太监，这些太监才愤愤而去。

另一个主要的反对力量来自以瞿鸿禨、岑春煊、王文韶、赵炳麟等为要角的汉族大臣、御史。他们有的一直与袁争权，有的对袁结党营私愤怒已久，有的认为改官制是“用夷变夏”，有的则反而认为这次改制完全虚假。有人上折慈禧指出，袁世凯的“责任内阁”实际为少数一二总理大臣专权，也就是袁世凯专权，而外国君主立宪国的责任内阁之所以不能专权是因为有议院监督、限制，中国议院一时恐难成立，所谓“责任内阁”既不对皇上负责又不对议院负责，只是统揽了过去皇帝的权力。“立宪精神全在议院，今不筹召集议院，徒将君主大权移诸内阁，此何心哉！”还有人指出，袁之所以在没有成立议院时先成立使皇帝居于无权地位的“责任内阁”，主要考虑是一旦慈禧去世，光绪复出，也无法报戊戌之仇。光绪就曾当面对袁冷冷说道：“你的心事我全知道。”袁则不敢答话。

这样，从王公亲贵、大小太监到大臣御史，尽管观点不同，但几乎全都反对袁世凯的改官制，不是到慈禧处哭诉哄闹就是不断上折，天天鸡飞狗跳。向来滥施淫威、杀伐决断的慈禧此时居然也寝食难安，向人诉苦道：“我如此为难，真不如跳湖而死。”

袁世凯可能过高估计了慈禧对自己的信任，在慈禧召见时竟然面奏要求朝廷令守旧大臣退休，结果招致慈禧怒斥，并将参劾他与奕劻的弹章交二人同看。此时，袁才知道自己已成众矢之的，局势非常险恶，慌忙以检阅新军南北秋操为名请调出京，以避锋芒。

袁世凯离京后，慈禧命令其余厘定官制的大臣继续制定改革方案。11月6日，朝廷发布裁定中央官制上谕，少数旧部被裁并，但多数未动，只是改名，军机处仍旧保留而不设责任内阁。最重要的是，在实际所设十一部的十三个大臣、尚书中，满人占七席，汉人仅占五席，蒙古一席，以“满汉不分”的名义打破了“满汉各一”的旧例。虽然以前的“满汉各一”也是满人掌实权，但毕竟在形式上满汉平衡，汉族官员心理上更易接受。形式上的“满汉平衡”被打破，汉族官员的心理平衡也随之被打破。几年后，辛亥革命爆发，不少汉族督抚宣布独立，可能与此不无关系。

这次官制改革，各路权贵、官员你争我夺，种种矛盾更加尖锐、激烈，导致政坛严重分裂。而且，还使人对清廷是否真准备立宪大起疑心，甚至有立宪派直斥其为“伪改革”，“徒为表面之变更”，“袭皮相而竟遗精神”，“竭数月之改革，迄今仍是本来面目，政界之难望，今可断绝”。远在日本东京的梁启超当时写信给康有为说，清廷宣布准备立宪时革命党力量即减弱，而官制改革一出，革命党势力便迅速扩张，也说明了这次行政改革的效果与清廷初衷正相反。事实无情地说明，这次行政改革完全失败。

晚清这两次本想以行政改革推动或导入“宪政”的政治体制改革实践的失败，适足促人“逆向思维”：原以为行政改革只是局部性变革，阻力肯定要小于全局性的政治体制改革，当更容易，其实未必。行政改革将使某些部门和部分官员受益，而另一些部门和部分官员受损，受损部门和官员的抵制、反抗必然十分强烈。甚至保持原待遇不变，也不足以抵消无权的损失，对官员来说，权力大过一切，要裁撤一些部门和一些官员自然难上加难、难以执行。争斗的激烈程度，可能并不小于政治体制改革。而实行宪政的政治体制根本性改革是对从上至下政府所有部门、所有官员权力的监督限制，由于大家都“待遇平等”、一同受“损”，官员们的不满和反抗反可能会相对小得多。在宪政框架下，最高掌权者的权力也同样要受限，其他官员当更无话可说。近代以来，清王朝一次又一次想以并无实效的行政改革代替政治体制改革，殊不知成本和代价其实更高；而最高的成本和代价，则是耽误了政治体制改革的时机而导致自己垮台。