蒲安臣毕竟是外国人，所以清政府还是对其权限作了某些规定。总理衙门曾就限制蒲安臣权限向皇帝报告说：

凡于中国有损之事，令其力为争阻；凡于中国有益之事，令其不遂应允，必须知会臣衙门覆准，方能照行。在彼无可擅之权，在我有可收之益。倘若不能见效，即令辞归。

使团出发前，又给蒲安臣八条训令，要求他前往各国，所办之事，所到之处，都应与中国使臣“和衷商酌”，大小事件都要“逐细告知”；遇到重大事情，必须与中国使臣一起“咨明中国总理衙门候议，再定准否”。同时还要求蒲安臣有培养、训练中国随行人员的责任，使其能“历练一切”。

不过，清政府最担心的仍是“礼仪”问题，所以对“礼仪”问题的指示最为详细。清政府要求中国使团不必见外国元首，“或偶而相遇，亦望贵大臣转达，彼此概免行礼。候将来彼此议定，再行照办”。每到一国，国书并不直接交给该国元首，而是“由该处执政大员代递”，并且要说明将来有约之国给中国皇帝的国书“亦照此而行，庶乎礼节不致参差”。“如有欲照泰西礼优待者，贵大臣不能固却”，但必须“向各国预为言明，此系泰西之礼，与中国体制不同，因中国无论何时，国体总不应改，不必援照办理，不得不预为声明”。

中国自命为“天下之中”的“天朝”，从无“国旗”之说。但外交使团出访则不能没有国旗，所以蒲安臣在出使期间设计了中国有史以来第一面国旗，即黄地蓝镶边，中绘一龙，长三尺，宽两尺。作为中国象征的黄龙旗飘扬在欧美各国，标志着中国第一次以主权国家面目出现在国际社会之中。在与国际规则接轨的方向上，中国又跨近一步。

1868年2月25日，浦安臣使团从上海出发，横渡太平洋，于4月初抵旧金山。蒲安臣知道公众舆论对美国国会、政府的影响，所以在许多地方发表演讲，宣传中国的进步，并公开表示：“我希望中国的自治能够得到保持，我期望她的独立能够得到保证，我期望她能够得到平等的待遇，从而使她能够得到与所有国家同等的权利。”蒲安臣充满热情的演讲，在所到之处引起轰动，深深打动了听众。6月初，使团来到华盛顿，蒲安臣率中国使团来到白宫，他并未遵从总理衙门的训令，而以握手、鞠躬的西方礼仪谒见美国总统，呈递了中国有史以来的第一份国书。以后在访问其他国家递交国书时，自然也是援以西方礼节。

在美期间，蒲安臣还不顾总理衙门的限令，在华盛顿代表中国与美国签订了中美《天津条约续增条约》八条，史称《蒲安臣条约》。这是近代以来中国首次以主权国家身份而不是战败国身份签订的对等性条约。主要内容是美国对中国的发展持不干涉政策，尊重中国领土主权完整，两国互派使节，中国可派遣劳工往美国，保证彼此人民可在对方居住、传教和留学，并可归化为公民等。其中第七条规定，中国学生到美国留学时，美国“需照相待最惠国人民”对待，为几年后首批中国幼童赴美留学打下了法律基础。其他一些条款对赴美华工、侨民也起了某种保护作用。清政府长期视华侨为不忠不孝的叛逆，此条约则改变了清廷对海外华人华侨的态度。后来清政府就是以此条约为依据，对美国的“排华”采取抗争手段。1869年11月，美国公使与清廷交换批准书时，清政府虽为蒲安臣越权恼火，但因为此约毕竟是中国首个对等条约，且内容亦有利，于是批准此约。

1868年9月，蒲安臣使团来到英国，晋见了维多利亚女王，也递交了国书。对蒲安臣提出的“互惠政策”，英方原则上同意：不违背中国意愿与独立安全；中国当履行条约义务；英国只在侨民生命财产受到威胁的时候，才保留使用武力的可能。1869年1月初，使团到达巴黎。法皇拿破仑三世接见代表团，表明与英国的立场相同。在德国，德皇威廉一世多次约见使团人员。在德国使团还会见了铁血宰相俾斯麦，当时德国统一尚待稳定，更因面临欧洲种种问题无暇东顾，发表声明完全尊重中国意愿，彼此交往。在瑞典、丹麦、荷兰等国，因为没有“修约”和棘手的交涉任务，使团在这些国家有些类似于观光。

1890年2月2日，使团到达俄国首都圣彼得堡。2月16日沙皇亚历山大二世接见使团并接受国书。但沙皇避免谈及中俄疆界纠纷，反而大谈俄美关系，使代表清政府的蒲安臣大为尴尬，同时对俄国的对华政策深有疑虑。舟车劳顿加上冒寒犯冷，蒲安臣次日就病倒了，医生诊断为急性肺炎。在病中，他仍然关注俄国局势及中俄边境问题。据志刚记载，蒲安臣“病势日加，犹日阅新闻纸，以俄国之事为忧”。而中俄边境“毗连陆地将万数千里，而又各处情形办法非一，既恐办法稍差，失颜于中国，措词未当，又将贻笑于俄人。乃日夜焦思，致病势有加无已”，终至不起，于2月23日在圣彼得堡病故。2月26日，在圣彼得堡的英国教堂内为蒲安臣举行了葬礼。随后，他的遗体被运回美国，在家乡安葬。志刚对蒲安臣的评价是：

查蒲使为人明白豪爽，办事公平，而心志未免过高，不肯俯而就人。一遇阻碍，即抑郁愁闷而不可解；兼有水陆奔驰，不无劳瘁。受病已深，遂致捐躯于异国。

蒲安臣病故后，使团由志刚主持，继续访问了比利时、意大利、西班牙等国。志刚认为：“礼从宜，使从俗，亦礼也。”所以，在觐见三国国君时，他也亲递国书，采纳国际通行的鞠躬、握手外交礼节。最后，使团在志刚的率领下于1870年10月回到北京。

蒲安臣使团在一定程度上完成了“笼络各国”的外交使命，得到了美、英等国政府不借“修约”之机提更多要求、不干涉中国内政的承诺。所以，当蒲安臣逝世的消息传到北京，清廷颁布上谕深表痛惜，“著加恩赏给一品衔，并赏银一万两”，“交该使家属抵领，以示优待之意”。

更重要的是，虽然中国的首位外交使臣是由美国人担任，但蒲安臣使团毕竟是作为中国政府出访欧美的第一个正式外交使团，毕竟蹒跚跨出了晚清官员走向世界、迈向国际社会的第一步，为以后中国近代外交使节制度的建立开辟了道路，为中国外交礼仪、机制的近代化奠定了第一块基石。随团出访的志刚的《初使泰西纪》、孙家谷的《使西述略》、张德彝的《欧美环游记》，成为近代中国开始“走向世界”、认识世界最初的启蒙读物。饶有历史意味的是，在上世纪80年代初中国开始改革开放、重新“走向世界”的曙光初现之时，已被遗忘的这三本书在百年后被再次印行，影响甚大，又一次成为启蒙读物。蒲安臣当年绝想不到，自己为清廷“打工”，会有益于百余年后中国的改革开放；倘地下有知，他一定会为此大感自豪罢！不过他的“自豪”，不恰恰说明了中国历史的曲折与艰难么？