在中国的传播

唐高宗朝（650－683）摩尼教可能已经传入中国。武则天延载元年（694）波斯国人拂多诞（侍法者）持《二宗经》至中国。开元七年（719）吐火罗国（位于今阿富汗北部）支那汗王帝赊上表，献解天文大慕?（承法教道者），请置法堂。开元二十年（732），唐玄宗下敕严加禁断，但西胡可以继续信仰。安史之乱末期，代宗宝应元年（762）叛将史朝义诱回鹘牟羽可汗进攻长安，唐遣药子昂迎劳，牟羽可汗遂支持唐军东击史朝义，克洛阳，放兵攘剽。牟羽可汗於次年带睿息等四僧回到回鹘，与他们讨论了三天三夜，经过激烈思想斗争，改宗摩尼教。" 熏血异俗，化为 茹饭之乡；宰杀邦家，变为劝善之国。 ……法王闻受正教， 深赞虔诚，大德领诸僧尼入国 阐扬。 自后，慕?徒 众，东西循环，往来教化。" 远在巴比伦的摩尼教教主派第一级僧侣到回鹘，确立 摩尼教在回鹘的国教地位，使回鹘社会发生深刻变化。同时，摩尼教依靠回鹘的势力，在唐帝国各地设置寺院。摩尼教势力的扩张引起了佛教徒的警觉，禅宗典籍《历代法宝记》中出现了对外道末曼尼（即摩尼）的攻击。《历代法宝记》约765年传入吐蕃，不久后（约775－797年间）赤松德赞赞普所撰《真正言量略集》中也出现对异端末摩尼的抨击。

元和、长庆年间（806－824）摩尼教僧侣常与回鹘可汗议政，作为回鹘的官方代表出使唐朝，势力鼎盛。开成五年（840），回鹘为黠戛斯所破，唐朝立即改变对摩尼教的优容态度，会昌三年（843）没收摩尼寺的庄宅钱物，焚烧其书籍图画，流放其僧侣，死者大半。会昌五年武宗禁佛，同时禁止各种外来宗教，摩尼教当也在其列。

摩尼教不容於唐朝朝廷，但西域各国五代北宋时摩尼教犹盛。回鹘西迁，在吐鲁番建立高昌王国，摩尼教继续处于国教地位，留下了大量各种语言的文献和寺院、壁画、细密画等遗物。北宋太平兴国六年（981）出使高昌的王延德等亲眼目睹了那里摩尼寺的情况。西迁后的回鹘和于阗也曾派遣摩尼师出使中原。但是佛教逐渐占居上风，到十三世纪中叶蒙古征服塔里木盆地地区时，摩尼教与佛教相比已经微不足道。

中原的摩尼教则不得不依附佛教、道教以自存，逐渐演变为一种秘密宗教，通常被称为明教。逃脱会昌法难的摩尼教呼禄法师来到福建，" 授侣三山（福州），游方泉郡（泉州），卒葬 郡北山下。" 福建成为摩尼教在中国南方继续传播的主要源头。北宋至道（995－97）中，怀安士 人李廷裕在京城开封一家卜筮商店里用五十千钱买到了一尊摩尼像，从此摩尼像就在福建流传开了。大中祥符九年（1016）、天禧三年（1019）朝廷两次敕福州；政和七年（1117）、宣和二年（1120）礼部两次牒温州，" 皆宣取摩尼经颁入道藏" 。真宗朝（998－1022）进献明教经典的福建士 人林世长授守福建文学。编入道藏的摩尼教经典中可能有《老子化胡经》、《明使摩尼经》、《二宗三际经》等。摩尼教已经在福建赢得部分士人的信仰，依托道教，向合法化方向发展。

但是，摩尼教经常被指斥为鼓动叛乱的邪教。北宋太平兴国间（980）撰写的《僧史略》把梁贞明六年（920）陈州毋乙叛乱以及后唐、石晋（923－946）时的相关叛乱归罪於末尼党类。宣和二年方腊发动大规模农民起义，统治者大为震惊，严厉镇压各种宗教结社，重立禁约，止绝江浙"吃菜事魔"之徒，连带根究温州明教，毁拆其斋堂，惩办为首之人，悬赏奖励告发。明教徒的特点是每年正月内，取历中密日（星期天）聚集侍者、听者等，所念经文及画像有《证明经》、《图经》、《日光偈》、《广大忏》、《妙水佛帧》、《先意佛帧》、《夷数佛帧》、《四天王帧》等，多引尔时明尊之事。

南宋时，有的道教徒不甚分得清楚吃菜灭魔与明教的关系，道士白玉蟾（约1215）的学生问他，乡间多有吃菜持斋以事明教，谓之灭魔，彼之徒且曰太上老君之遗教，然耶？否耶？白玉蟾告诉其学生一些明教的教义，大要在乎清净、光明、大力、智慧八字而已。但是没有分辨吃菜灭魔与明教的异同。有的佛教史家把明教与吃菜事魔联系在一起。1265年撰写的《佛祖统纪》引述洪迈（1123－1202）《夷坚志》说：吃菜事魔，三山（福州）尤炽，称为明教会。所事佛衣白，又名末摩尼。其经名二宗三际，其持修者，正午一食，以七时作礼。有的官员常把明教与其他宗教结社并列，视之为邪教。陆游在绍兴三十二年（1162）写的条对状中写道：淮南谓之二　子，两浙谓之牟尼教（即摩尼教），江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类。名号不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、军兵亦相传习。其神号曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等号。白衣乌帽，所在成社。伪经妖像，至於刻版流布，假借政和中（1111－1118）道官程若清等为校勘，福州知州黄裳为监雕。陆游称，近岁之方腊皆是类也。要求加以严惩，多张晓示，限期自首，限满悬赏搜捕，焚毁经文版印，流放传写刊印明教等妖妄经文者。