元代在泉州设有管理明教和秦教（当即景教）的管领。马可波罗及叔叔1292年到达福州时遇到的一个当地无名教派可能是摩尼教团。明太祖洪武（1368－1398）初曾下诏并立法禁止各种异端信仰，其中包括牟尼明尊教（即摩尼教）。浙江按察司佥事熊鼎以大明教瞽俗眩世，且名犯国号，奏请没收其财产而驱其众为民。明太祖可能因为这道奏折，嫌明教教门上逼国号，摈其徒，毁其宫，户部尚书郁新、礼部尚书杨隆奏留之，因得置之不问。尽管清律、安南律都因袭明律，继续禁止牟尼明尊教，但是，有清一代和安南地方未必真正有摩尼教徒的活动了。(完)