伽利略从未被拷打、戴手铐或刺瞎双眼，也没有被长期关押过。布鲁诺之死也不是因为日心说，更多的是因为他到处传扬“魔法”和“魔教”。宗教裁判所的黑暗，是一个被偏见和无知过分扭曲的神话。

1600年2月17日，罗马的鲜花广场燃烧着熊熊的大火，火堆中间的木架上绑着一个中年男子，正在痛苦地呻吟着。他的舌头被事先钉住，以防他临死前喊出什么异端的口号来。这个人名叫布鲁诺，因为宣传哥白尼的日心说而被罗马宗教裁判所处以火刑。

33年之后，受尽精神和肉体折磨的伽利略被迫在罗马宗教裁判所充满血腥和恐怖的法庭上当众忏悔，表示同意放弃哥白尼学说，并且在判决书上签了字。但这位病魔缠身的老人仍然喃喃自语道：“可是地球仍然在动啊!……”

这是几乎每一个中国小学生都非常熟悉的布鲁诺和伽利略的故事。当孩子们在心目中树立起这两位科学烈士形象的同时，残暴变态、阻碍科学进步的宗教裁判所也成了不折不扣的恶魔。但是美国圣路易斯大学的的历史学家托马斯·F梅登教授却说：真相并非如此。

注重法律的宗教裁判所

11世纪中叶起，随着十字军东征，各种东方商品包括异端思想潮水般涌入欧洲。当时的欧洲国王们相信自己的权力来自天主教的上帝，异端分子们质疑《圣经》当然就是质疑他们的权威，所以必欲除之而后快。但是大多数中世纪领主没有经过基本的神学训练，很难认定被控告的人是不是真的异端分子。结果，无数人没有经过公平的审判就被世俗统治者用简单粗暴的方式处死了。

天主教会创设宗教裁判所，目的是让被指控的异端分子得到公平的审判，这样的审判由知识丰富的法官主持，并按照证据法的原则行事。所以，与其说宗教裁判所铲除异己或是压迫人民，不如说它是一种阻止不公正死刑的尝试。

在整个中世纪，宗教法庭的法治化程度都远高于同时期的世俗法庭。宗教法官通常要在大学拿到法学博士学位。教会法中严格规定：任何判决都要以合适的法律程序为先导。随意的假设不可替代严格的诉讼程序。嫌疑犯应该受到调查和公正的审判。

教会法庭的“纠问式程序”非常注重当事人的诉讼权利和有效参与。法院统一搜证调查、执行刑罚，被告人必须到庭，法院会告诉他起诉人的姓名并出示证据，并允许被告人进行辩解和提出对自己有利的证据，这在客观上起到了保证当事人诉讼权利的作用，可以说是法制史上的一大进步。嫌疑者可以雇用律师来为他辩护，还可以上诉至教皇。

从12世纪末叶开始，纠问式程序为世俗法庭所采纳，逐渐取代了控诉式程序在西欧司法中的主流地位，由此发展出现代的公诉制度，迄今仍然是大陆法系司法程序的基础。

在中世纪的欧洲，天主教是维系整个社会的思想基础。异端邪说很可能令整个社会四分五裂，与其说它是思想罪，不如说是一种反社会的罪行。客观地说，宗教裁判所一定程度上维护了当时欧洲社会的长治久安，使得欧洲各国在历史上几乎没有出现因为政权更替而产生的社会性大杀戮，远远优于我国历史上王朝更替所付出的惨重的人口损失代价。这种状态一直维持到17世纪上半叶新教从天主教中分化出来之后。

宗教裁判所并不残暴

1998年，梵蒂冈向来自世界各地的30位学者开放了宗教法庭的档案。人们发现宗教裁判所其实并不像人们想的那么恶劣。拷掠并不多见，执行死刑的也很少。

在教会看来，异端分子只是离群的迷途羔羊。作为上帝的牧羊人，教会有责任把他们引入正途。所以大多数被宗教裁判所控为异端的人都得到了缓刑或是无罪开释，那些被认定犯有重罪的人也可以有忏悔、苦修并重返教会的机会。

只有当审判官确定某只羊的离群是出于故意而只能将其逐出教会并交由世俗统治者处理时，他才可能被世俗统治者烧死。事实上，中世纪的宗教裁判所拯救了无数无辜（甚至是不那么无辜）的人，而那些人本来可能会成为世俗领主或是暴民的牺牲品。

16世纪，女巫大恐慌席卷欧洲。在拥有完善的宗教裁判所的西班牙和意大利，受过训练的审判官对女巫集会和烧烤婴儿之类的指控进行了调查，并认定它们毫无根据。而在其他地方，尤其是德国，数以千计的女巫被活活烧死。

轻微的异端罪被处以诵读祷词、朝圣、戒律约束、斋戒及罚款的惩罚，严重者须佩戴两枚黄色十字架。教会要求人们真诚宽容地对待补赎者，严厉禁止世人嘲讽佩戴十字架的补赎者或者与他们断绝来往。在多数情况下年轻女子都可以免除佩戴十字架的责罚，因为她们戴上十字架不但难以找到工作，而且婚姻前景也受损。