更严重的体刑通常都有一个医生在场，负责监控犯人的生理承受能力，并要为受伤者治疗创伤。受刑者因受刑死亡的很少，造成终身伤害和四肢残废的也相对较为罕见。

宗教裁判所的审判官有权判决的最严重的惩罚是监禁。宗教裁判所向贫穷的囚犯提供食品，也允许囚犯自己购买油、巧克力、蛋和火腿，另外，还免费提供或允许购买衬衫、拖鞋、毯子及其他基本的舒适用品。囚犯对待遇的抱怨并不比其他惩罚制度中出现的更频繁。

被认为“最黑暗”的西班牙宗教裁判所，300年间一共审讯了15万人，罪名成立移交政府的只有3 000人，被政府执行死刑的不到1%。即使到火刑的最后一刻，宗教法庭审判官仍会试图劝说他们悔过以免其死。1570年之后近半个世纪内，火刑只有15例，接下来的近一个世纪则只有8例，到启蒙运动与大革命爆发之前的100年间已基本上消失。在欧洲任何一个世俗法庭，或中国史上的任何法庭，这个比例都是不可能想象的。在1530年之前，西班牙宗教裁判所一直受到普遍的赞扬，被认为是欧洲最好、最人道的法庭。事实上，当时还有这样的记录：西班牙的罪犯故意做出亵渎神灵的行为，以便被移入宗教裁判所。在那里他们更可能得到一个相对公正和宽容的判决，至少也可以被关在条件较好的监狱里。

他们不是科学烈士

几乎所有的历史学家都同意，伽利略并不是因为相信哥白尼的日心说才遭受审判的。他早期关于日心说的著作和公开言论曾得到后来的教皇乌尔班八世的支持。教会甚至准备如果有一天哥白尼的宇宙体系被证明是正确的，就对那些看起来与之矛盾的经文进行重新解释。不过毕竟伽利略尚未对日心说提出有力的证明，所以教会要求伽利略把日心说仅仅作为一种假设，不能当做对宇宙的真实描述加以推广。这不能不说是一种严谨的学术态度。

1632年，伽利略确信自己掌握着日心说所需要的证明，便出版了他的《两种世界体系的对话》一书，书中试图用潮汐现象证明地球绕太阳运动。但是他的这套推证是错误的。伽利略因此越过了教会划定的界线——推行一种与《圣经》不符的思想，却又没有提供令人信服的证据。

1633年，伽利略被召回罗马接受审判，在宣布自己以前的言论无效的声明上签了字。应该指出，伽利略从来就没有受过拷打、戴手铐或刺瞎双眼的惩罚，也没有被长期关押过。审讯期间，他在神圣法庭内只待了22天，而且是在宽敞明亮、富丽堂皇的主教宅邸内，还带着私人侍从。按当时人的说法，他身处的环境其实相当令人羡慕。

1600年被绑上火刑柱的布鲁诺，其命运显然比他悲惨得多。但布鲁诺之死也不是因为日心说，更多的是因为他到处传扬“魔法”和“魔教”。

布鲁诺热衷于恢复一种古老的埃及魔法宗教。这种宗教崇拜太阳，而哥白尼日心说正好迎合了这种宗教，才被他所利用。布鲁诺在大学、私人集会中大肆宣扬他的宗教，非常受巫师和邪教徒的欢迎，种种巫术、诅咒、邪教活动、炼金术骗局和犯罪活动猖獗一时。最后他是作为一个巫师被烧死的！完全和日心说无关。

宗教裁判所的黑暗，是一个被偏见和无知过分扭曲的神话，是伏尔泰等启蒙思想家为抨击天主教而树立起来的一个靶子。只有客观地看待这一特殊历史时期的特殊法庭，才能真正理解历史。