司马迁先是被下狱，然后宫刑执行日期被推迟了六个月。

刘彻说给半年的时间让司马迁好好地思考一下，如果司马迁改变了主意的话，他可以暗中出钱把司马迁给赎出来。

刘彻还派贴身太监传话给司马迁说，朕真的不想成为第一个阉割文人的皇帝。

司马迁拒绝了，他说，很多年后，民族会在统一的版图里消亡，帝王的面目会在漫长的时间链条里模糊不清，只有基于伟大灵感的事件，才会越来越有生命力。

次年正月，司马迁坦然领受宫刑，然后在一个密不透风的小屋子养伤。

三月份，司马迁晋升为中书令，成了刘彻御用的秘书长，担任出入奏事的职责，年薪一千石。

刘彻去泰山封禅的时候，还特地带上了他。

我其实喜欢从更多的地方跳下去，我了解这纵身一跳全部的特质和乐趣：从黑色的大石头上，我需要奋力一跳，不能落到石头上，相对于石头来说，我跟一枚鸡蛋没有分别；从水牛角上跳下来，应该让牛头像鹿角那样举起来；很少有适合往下跳的树杈；从大草垛上往下跳是最舒适的，但是爬上去得动作要小。后来我创造了一种平地跳术，起落点无落差，在一块平地上把自己从高处放到低处：就是这样，弯腰曲背，身体前倾--如果你害怕的话，你可以双手护头--轻轻前跃，关键动作是翻腾270度，背部着地，像是苍蝇拍，叭的一声，贴到地上--也许你可以拿水面试一下，我更喜欢松软的草地，很多骨骼会受击，肘和肩是硬碰硬后响亮的痛，整条脊椎里，流水一样的疼痛，哗啦啦地，后脑偶尔会被磕碰到，疼痛很沙哑。我要在地上躺一会儿，给疼痛留一些时间，就像我从麦田里把手抽出来，需要时间来清理肉窝里土粒和麦叶。这个时间持续的越长，那跳，就越让人迷恋。

公务之余，司马迁仅仅用了一年半的时间，就完成了受刑前折腾了十年而无所成的《史记》，成为二十四史之开山之作，就是在两千年后，仍有大作家赞扬它是“史家之绝唱，无韵之离骚”。

司马迁在给写给官场朋友任少卿的信中，描述了他当时的创作心态和历程，照录如下：

盖西伯拘而演《周易》；仲尼厄而作《春秋》；屈原放逐，乃赋《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，《兵法》修列；不韦迁蜀，世传《吕览》；韩非囚秦，《说难》、《孤愤》。《诗》三百篇，大氐贤圣发愤之所为作也。

此人皆意有所郁结，不得通其道，故述往事，思来者。及如左丘明无目，孙子断足，终不可用，退论书策以舒其愤，思垂空文以自见。仆窃不逊，近自托于无能之辞，网罗天下放失旧闻，考之行事，稽其成败兴坏之理，凡百三十篇，亦欲以究天人之际，通古今之变，成一家之言。