1911年10月10日，武昌起义成功。不想这场发生在湖北的革命，给了陈独秀和他的新夫人一次回到安庆的机会。同时，他们这一段宁静、愉快的日子也结束了。上有天堂，下有苏杭。直到很久以后，陈独秀才意识到，在杭州的日子，是他一生不能再有的美好时光。

安徽独立过程一波三折。后来，安徽旅沪人士向同盟会推荐了孙毓筠任安徽都督。孙毓筠比陈独秀大十岁，喜欢抽大烟。上任后，孙毓筠发给在杭州教书的陈独秀一份电报，请他赴皖做都督府秘书长。数年前，陈独秀淮上旅行，曾拜访过孙毓筠。他不久前写《存殁六绝句》还提到孙毓筠。接到电报，陈独秀喜从天降，立即打点行囊起程。12月，他们取道上海回安庆。在上海，有数名军官在酒家聚谈战事，一旁劝酒的苏州女郎说：“不要战，脑袋要紧。”这句话，哄传上海各报。陈独秀看了报纸哈哈大笑，对高君曼说，这句话，可以代表江苏人的温和性质。

和丈夫回安庆，高君曼既欢喜，又担忧。欢喜的是，丈夫帮都督做事，有脸面；担心的是，她和姐姐及陈独秀家人闹了不愉快，回去又见白眼，而且她此时已有身孕，万一和姐姐闹了不痛快，岂不连累孩子？为了避免姐妹闹矛盾，陈独秀回安庆住在宣家花园（安庆六中附近，都督府所在地），这里到大南门培德巷陈家大院，走路要二十多分钟。

14岁的延年、9岁的乔年见父亲和姨妈住到了外面，心里不舒服，但年龄小，说不上话。见母亲整天掉眼泪，兄弟俩和父亲的隔阂更大了。潘赞化也觉察到了陈独秀父子关系淡漠。但他觉得，陈仲甫奔走革命，公而忘私，并不是仲甫天生没有人情味。

陈松年后来说：

父亲在民初任安徽省都督府秘书长时就是住在宣家花园的。我妹妹子美、弟弟鹤年都是在这里出生的。到反袁失败，父亲避离安庆，又在南京东厂街（秀山公园旁边）盖了两座草房，大约十余间，置地数十亩，作为高君曼和两个弟妹的居住点，以后一直没有回安庆过，我弟弟读书也是在扬州中学。　

1912年1月初，陈独秀走马上任。当时和陈独秀同在都督秘书科的有邓艺孙、洪海闿、江津本、李德膏（李光炯）、卢光浩、马汝简、吕嘉德、李中一、龙炳等人，他们中多数是陈独秀的老朋友。陈独秀嫂子张氏的弟弟张啸岑从前和吴越同在保定学堂读书，这会也在秘书科管理文书。

陈独秀性急，有嗣父陈昔凡遗风，恨不得一日干三日的事，常和科里同事发生口角。这些人到孙毓筠面前说三道四，使陈独秀与孙毓筠也闹了矛盾。一日，宣布开会后，孙毓筠和往常一样，闭目养神，由着陈独秀滔滔不绝地说，问到一句，孙“哼”一声，不问则不鸣。孙毓筠认为，宣统已宣布退位，中华民国临时政府成立了，革命已经胜利，可以松一口气了，他不喜欢陈独秀的急性格。孙中山后来和陈独秀谈话，把这种松一口气的态度狠狠地批评了一顿。