其时，安徽的庐州（孙万乘）、芜湖（吴振黄）、大通（恭钟岳）三处军政分尉不听孙毓筠的指挥，形成割据局面。陈独秀见孙政权内外交困，孙毓筠又不支持他的兴皖计划，一气之下，将职位让给李光炯，自己去新恢复的安徽高等学校任教务长了。校长是桐城派传人马其昶（1855~1930），光绪举人，曾任学部主事、京师大学堂教习。

春天，陈独秀去了一趟杭州，与苏曼殊见面。4月13日，苏曼殊在杭州给刘三写信说：“前夕归至西湖，连接三函，喜慰无量。今与思渊，仲子约定，来沪时奉谒左右。”“仲子”指陈独秀；“无量”指谢无量；“思渊”指沈士远。

孙毓筠在安徽左右不了局势后，孙中山、黄兴派率部驻军浦口的柏文蔚协助他。５月，孙毓筠应袁世凯重金聘请，去北京任袁的高级顾问。

见安徽群龙无首，在安徽高等学校任教务主任的陈独秀向校长马其昶告假。马其昶不习惯陈独秀的激进方法，见他要走，乐得答应了。6月，陈独秀到浦口找到柏文蔚，请他主持皖政。当时，郭应龙部发生闹饷风潮，皖省人心不定，留守府撤销后，各地军心已散，浦口已无战略意义，回到安徽，尚可保留一部分革命力量。6月底，柏文蔚将军部迁往蚌埠，自己到安庆上任都督兼民政长，陈独秀、赵字臣等为秘书。

当时，袁世凯也想拉拢柏文蔚，陈独秀主张“虚与委蛇，决不为之所动”。柏文蔚是体育教师出身，长得像个将军，大头大脑，相貌堂堂，人称“柏大头”。当时安徽有两派：军务部长管鹏派与柏文蔚派。两派有隙。一日，一个管派的人到柏文蔚处来，想找几句话恭维柏文蔚。想来想去，说：“今天能见到柏公，实属三生有幸，像柏公这样庸庸碌碌的将军，真是海内仅有。”陈独秀在一旁听了哈哈大笑，也不顾忌柏文蔚一脸窘态。陈独秀想，此话实在恰到好处，妙不可言。

就在这时，陈家灾祸来临。

一日，儿子延年喘着粗气跑到都督府，要陈独秀赶快回家。到了家，陈独秀才知道，原来，两年前和陈昔凡签合同做大豆生意的英商，利用辛亥革命后浙江巡抚倒台之机，通过英国官方向中国政府施加压力，要求陈昔凡归还收购大豆的定金。陈昔凡接到英商的讼诉状，吃惊不小，忙叫孙子去喊回陈独秀，商量对策。陈独秀劝嗣父亲赴上海，与英商怡德洋行交涉。后陈昔凡带病去上海，查阅文字，方知当年上了姚通事的当，未将原来的契约作废。陈昔凡不会英文，吃了洋亏，有口难辩，只好按约赔偿预付金，用财产契约顶了债务。

陈昔凡忧愤成疾，回安庆后病倒在床。谢氏几次上京，找曾子固交涉求情，保下了南水关两幢房子及贵池300亩卖不掉的地。陈家交不足的部分，由曾子固代为补交结案。幸亏陈昔凡签约时，没有预押全部家产。安庆四牌楼从胡玉美店面朝西走的17爿店面等，仍然保留了下来。后来，陈遐文到陈家，谢氏还请他到四牌楼梁饮和茶叶店收过租金。陈遐文问：“多少钞一个月呀？”谢氏说：“17吊（钞）一个月。”在贫穷的陈遐文眼里，陈延年家的钱多得不得了。

陈乔年后来问祖母谢氏东北的田产情况，谢氏说：“路太远，顾不上了。”忌讳说出丈夫陈昔凡破产的事。

陈昔凡败诉后，陈独秀心绪不宁，高君曼产期又近，就辞去都督府秘书，仍任安徽高等学校教务主任。陈独秀走后，柏文蔚请徐唯一任都督府秘书。