袁世凯接替陈树棠后，也是积极发展清朝在朝鲜的商务，特别是朝鲜口岸渐增，贸易日盛，各国争相倾轧时，袁世凯更是不遗余力。他一面广做宣传，鼓励华商东渡；一面设立帮会馆，建立董事；设置巡警，保护华商，竭力经营。这些直接于华商有利的政策、措施，导致大量华商东渡朝鲜发展。“商人水陆辐辏，逾年骤增数倍，三年乃陵驾日商之上”，华商超过日商，成为朝鲜经济发展的一支劲旅。据统计，在袁世凯离朝之前，仅汉城一地，华商就达八十多家，人数在千人以上；仁川、元山、釜山、京仁等地，也都布满了华商。

华商在朝鲜的商务活动，主要借助轮船来完成。1883年，清招商局首先开辟了一条海上航线：上海-仁川，每月航行一次。后来又将航线扩大为：上海-烟台-长崎-釜山-仁川，延伸向了日本。但随后因中法战争爆发，轮船被征用，航线中断。航线中断后，中国商人主要靠搭怡和洋行轮船“南升号”来往。随后，“南升号”也因亏本经营停止了航线。尔后有德国的世昌洋行开辟了上海-仁川的定期航线，但仅维持六个月后也停止了。此后，中国商人不得不搭日本三菱公司的轮船。日本商人再度垄断了朝鲜口岸贸易。随后，日本政府将三菱公司和共同运输公司合并，成立日本邮船株式公司。日本邮船株式公司对中国商人态度恶劣，船费也高，华商利益受损，相当不满。华商也渴望有自己国家的轮船，于是向袁世凯请求派遣。清政府以维持定期航线费用太高为由拒绝给予派遣。尔后，有中国商人在日本邮船株式公司的轮船丢失丝绸，而日本公司却不予赔偿事件发生。袁世凯和中国商人都很气愤，遂再次向李鸿章强烈要求派遣中国轮船。袁世凯认为朝日贸易振兴的后盾主要是日本政府支援维持定期航线。中国派遣轮船，不仅能维持宗主国的体面，而且是在朝鲜掌握各种商业利权时不可缺少的手段。在袁世凯的积极努力下，1888年3月，招商局“广济号”轮船开始派遣上海-烟台-仁川的定期航线。在这条航线的推动下，中国与朝鲜的贸易全面展开，贸易开始稳步提升，日本独大朝鲜贸易的局面被打破。

日本政府对于日商势力衰退，华商日渐上风，深感忧虑，遂开始不断寻求挽回的途径，拟订了《有关朝鲜贸易书》，驻元山副领事渡边修提出了《恢复朝鲜贸易方案》等。但尽管这样，华商在朝鲜商务的拓展似未因日本采取对抗的措施而受阻。日本失去了原有地域贸易的优势，于是转向劝说平壤港的开放。袁世凯为了防止日人扩展商务至朝鲜西北部，从中加以阻扰，开港又关港，但中日在朝鲜的贸易追逐并没有结束，而且更为激烈。

光绪十六年（1890年），袁世凯奏请在龙山、仁川、釜山、元山四处设立了中国在朝商务理事，以管理华商在朝商务。光绪十八年（1892年），袁世凯鼓励同泰顺商行集资购买了浅水轮船两只，每年接运朝鲜漕粮十万担和所有的中国货物，大大发展了中国在朝鲜的运输业务，促进了华商在各个领域的发展并获益。“总之，袁世凯对于在韩华商之权利的保护，无不尽力以谋之。”