1861年4月底，面对北军的绝对优势，杰克逊的兵力只有1。7万人。

杰克逊审时度势后，立即撤退至谷地东南角的共和港，同时命令骑兵分散在谷地各处打击北军的物资供给，监视敌军的动向。杰克逊开始策划如何开始下一步行动。根据坚守谷地的命令，杰克逊必须保卫住斯汤顿这个军事要道。杰克逊非常明白：这是一步死棋，因为北军的两个军团已经形成夹击之势。虽然北军占有绝对优势，但分别由3个将领统率的兵力就显得过于分散，而他们的总指挥林肯是外行。杰克逊唯一的机会就是趁敌军尚未会合之前将其各个击破。

杰克逊率领人马从共和港南下，到达维吉尼亚中部铁路线上的米昌河小站。他将自己的战役计划严格保密，别说是普通官兵，就连尤威尔将军也蒙在鼓里。之后，杰克逊率军登上专列，同约翰逊会合。

队伍经过休整后，杰克逊带领部队向西急行军32公里，逼近米罗依旅。米罗依率先发动进攻，麦克道尔战斗打响。经过几个小时的激战，米罗依旅不敌杰克逊，只得放弃阵地。虽然杰克逊军在此次战斗中略有伤亡，但赢得了谷地战役的第一个胜利。他命令部队衔尾急追，不让北军逃走一个，然后留下一部分人马监视北军，其他队伍回到谷地，准备向班克斯部队发起进攻。

此时，约翰斯顿统领不足7万南军，在首府里士满城外同10万北军对峙，如果麦克道尔军团从侧面发动进攻，首府里士满就大势已去。约翰斯顿命令尤威尔师尾随骚扰麦克道尔军团，尽量迟滞北军南下。这对杰克逊来说无疑是雪上加霜。他立刻发电给上司约翰斯顿表示强烈反对，最后约翰斯顿在罗伯特·李的劝说下回心转意，使他相信谷地战役的胜利更有助于缓解里士满的压力。此后，杰克逊一直扮演着南方救星的角色，而谷地战役的成败将决定邦联政权的生死存亡。

5月21日，杰克逊率部同到达新集市的尤威尔部队会合，准备集中优势兵力击破班克斯。班克斯此时侦察到南军的集结，认为他们将对斯特拉斯堡正面进攻，于是掘壕固守严阵以待。杰克逊声东击西，领军沿着狭窄的卢雷河谷快速北上，两天后的清晨向福让特瑞尔的守军发动突然袭击，战斗结束后，南军以伤亡26人的代价毙伤、俘虏北军900余人。杰克逊继续向北军进攻，不久就截断了班克斯的退路--占领米德尔顿。

班克斯意外地发现，辛苦修建的坚固工事已经失去了意义，他唯一的出路是撤退。班克斯军团北撤至纽顿附近时，遭到杰克逊的突然袭击，损失惨重。南军不但俘虏北方士兵1000多人，还缴获大量物资，其中包括9000支崭新的步枪。班克斯军团余部在温彻斯特城南的一个山坡上列阵，第一次温彻斯特战斗打响。杰克逊指挥石墙旅奋勇冲杀，安排一支部队迂回北军右侧，另一支部队迂回左侧，激战之后，班克斯军团很快被打垮了。

死里逃生后的班克斯人马渡过波托马克河，到北岸去感谢上帝的恩典，使他的性命得以保全。杰克逊的骑兵一直追到河边。此时，班克斯的部队已经完全丧失了战斗力，挡在杰克逊和华盛顿之间的只有一条河，以及驻守在河对岸的7000北方部队。大惊失色的林肯紧急向北方各州发出保卫首都的呼吁，并征用全国所有的铁路，以便运送部队。在林肯发出呼吁不久， 50万军队从各州出发前往华盛顿。

林肯认为，目前最紧急的是解除杰克逊对华盛顿的威胁，遂命令麦克道尔停止南下，派遣谢尔兹率领北军返回谷地，同时发电给里士满的麦克莱伦回来保卫首都。麦克莱伦对林肯的这道命令十分不满，他认为麦克道尔军团距离谷地太远，派他们去拦截杰克逊肯定是远水解不了近渴，而且整个部队将劳师动众，林肯对此不予理睬。事实上林肯的判断不无道理，站在波托马克河边的杰克逊正在给约翰斯顿发电报，表示如果有4万军队就能一举拿下华盛顿。只可惜南军此时一兵一卒也派不出来了。

尽管如此，在谷地战役前期杰克逊可谓战果辉煌。他在一个月内，指挥部队三战三捷，以极小的伤亡代价，击毙和俘虏北军官兵数千人，缴获北军大量的军用物资。但杰克逊并没有心情欢庆胜利，北军将领弗雷蒙特和谢尔兹各率本部人马分别从他的身后逼近斯特拉斯堡，企图截断他的后路。此时，林肯在北军首府的作战地图上勾画出缜密的作战计划，决心把杰克逊的人马彻底消灭。