蔡元培多次到欧美留学、考察，西方政治民主思想和教育思想对他影响很深，因而他成为国内主张学术思想自由、民主办校、提倡教授治校的第一人。早在1912年他主持起草《大学令》时，就规定大学要建立评议会、教授会的组织，并对它们的权限作了明确的规定。

京师大学堂时期唯总监督马首是瞻的衙门作风自不必说，北京大学成立之后，学校权力仍掌握在以校长为首的少数几个人手中。正如蔡元培后来所说：“我初到北京大学，就知道以前的办法是一切校务都由校长与学监主任、庶务主任少数人总理，并学长也没有与闻的。我以为不妥，所以第一步组织评议会，给多数教授的代表议决立法方面的事；恢复学长权限，给他们分任行政方面的事。但校长与学长仍是少数，所以第二步组织各门教授会，由各教授与所公举的教授会主任分任教务。将来更要组织行政会议，把教务以外的事务均取会议制。并要按事务性质，组织各种委员会来研讨各种事务。”

1917年，蔡元培主持建立了北大评议会，作为全校的最高立法机构。评议会由评议员若干人组成，校长是当然的议长，评议员由各科学长和各科分别推举的教授代表二人组织，任期一年。1919年以后，评议员除校长和各科学长外，每5名教授选一名代表为评议员，一年改选一次。凡学校章程与条令的审核通过、学科废立、课程设置、教师的审聘、学校预决算等重大事项，都必须经过评议会的讨论决定，才能执行。

评议会实际上是一个教授会，是蔡元培教授治校的重要体现，在实际操作过程中也确可以“容纳众人意见”，具有民主讨论的风气。曾任过评议员的李书华教授后来回忆说：“目睹开会时对于各议案的争辩，有时极为激烈。”北大评议会中新派人物占有多数，在五四运动时期，他们能支持全校师生的爱国活动，多次发表反对北洋军阀政府的宣言，并几次宣布和北京政府教育部脱离关系。

由校长、各科学长和教授代表组成的评议会，毕竟只有少数几个人，所以蔡元培决定组织来源更广、更有代表性的各科教授会。1917年12月，北大评议会通过各科教授会组织法，随后分别成立了各学科教授会。1919年废门改系后，北大成立各系教授会。系主任由教授会投票选举。当时规定，系主任必须是教授，如一个系仅一名教授，这人就为系主任，无二话可说；有两人则按期轮值，以先到者为始；三人以上互相选举，如票数相等，校长可增投一票决定人选。教授会负责规划本系的教学工作。