1919年4月，蔡元培又在北大成立了教务处和总务处，这是蔡元培实施教授治校体制的第三步。蔡元培开始改革时，加强各科学长的职责，由学长负责各科的行政、教学工作，但这只是过渡，因为这易造成学长权力的集中。按他的民主办学的设想，是要按学校的行政、教务和事务方面分别设立各种相关的委员会，由有关教授分别领导，统一管理。大学的事务都由大学教授所组织的教育委员会主持，大学校长也由委员会选出。这样一来，学校的民主根基牢固，内部组织结构完备，在“城头变幻大王旗”的军阀混战岁月里，无论外部形势发生怎样变化，也无论何人来任校长，都不能独断专行，祸害北大。即使照德国的办法，一年换一个校长，也不成问题。

1919年3月，学校评议会通过了文理科教务处组织法，准备成立教务处。教务处由各科教授会主任组成，从中推出一人任教务长，襄助校长领导全校教学，任期一年。原计划这个组织法在该年暑假后与分系制一起实行，但因这时社会上攻击北大甚猛，尤对陈独秀特别激烈，蔡元培为避锋芒，缓和气氛，决定提前实行文理科教务处组织法。4月8日，蔡元培召集有关会议，筹组教务处，选举教务长。马寅初当选为北大的第一任教务长。

在成立教务处的同时，北大还成立了总务处，主管全校的人事和财政。首任总务长蒋梦麟后来也做到北大校长，对北大的发展作出过重大贡献，有很不错的口碑。

1919年9月，蔡元培经五四运动后返校任职，进一步调整了北大的学校组织。到年底，北大除仍设评议会为全校最高的立法机关和权力机关外，还设行政会议、教务会议和教务处、总务处等几个重要机构，基本确立了一套完备的民主治校的领导体制，达到了民主治校的目的。正如蔡元培后来在北大25周年纪念会上所指出：“凡此种种设施，都是谋以专门学者为本校主体，使不至因校长一人之更迭而摇动全校。”即学校领导体制的改革，目的是要使专门学者即教授成为大学的“主体”，成为学校办学的管理者，保证民主办学制度的实施，防止学校少数人专权。教授治校调动了广大教师的积极性，提高了办事效率和教学质量。北大教授对此很满意，经常有人回忆起这段民主的岁月。顾孟余先生在《忆蔡孑民先生》一文中说：“先生掌北大数年，以政治环境关系，在校之时少，而离校之时多。离校之时，校务不但不陷停顿，且能依计划以进行者，则以先生已树立评议会及各种委员会等之制度。此制度之精神，在以教授治理校务，用民治制度，决定政策，以分工方法，处理各种兴革事业。然非校长之清公雅量，则此制度不克成立；非师生绝对信赖校长，此制度不易推行也。”