这一方面表明了刘之学问的高深，深得章、蔡等人佩服，另一方面，也看出章太炎等不念旧恶，希望他吸取教训，专心治学。可是刘师培仍对政治感兴趣，很快投靠了袁世凯，担任教育部编审、参政院参政员。

刘师培虽然臭名昭着，但平心而论，在民初几年，他还是尽力为学的。据说那时他住在北京的白庙胡同大同公寓，因为一心向学，加上颇为潦倒，所以不修边幅，衣履不振，蓬首垢面。一天，教育部老朋友易克臬来访，见他一边看书，一边吃馒头，面前摆着一碟酱油，因专心看书，把馒头蘸到墨盒里，送到嘴里去吃，把嘴和脸都涂得漆黑一片，看上去像一个活鬼。不久，随着袁世凯谋复帝制，刘师培又活跃起来，不仅位列筹安会“六君子”之一，写文章为袁恢复帝制大唱赞歌，还被袁称为“上大夫”。但很快袁世凯一命呜呼，他又困居天津，后经章太炎推荐，1918年到北大国文系任教授。不过他似乎对蔡元培仍不感激，明知蔡元培主张新文化的，偏又和辜鸿铭、黄侃等拉拢一批人组织《国故》月刊，同新派唱对台戏。据说那时刘师培的家是很热闹的，不少旧派都聚集到他那里商议如何同新派较量。此时他的肺病已经很重，1919年就去世了。

刘师培在北大是名人，一方面是他在进北大之前已很有名，另一方面是在北大时他也做出一些令人称奇的事。从好的方面说，他的学问文章倾倒无数青年，令人刮目相看。刘师培讲课是受学生欢迎的，他看的书多，记忆力又好，上课从来不带讲义或卡片，两手空空上讲台，坐下就讲，旁征博引，侃侃而谈，头头是道。他记忆力之好，还可从另一件事得到佐证。据称，刘在北大上课时，因书籍不在身边，又需参考典籍，便写信到扬州仪征家里，说明在何橱何格、何排何册，家人一查即得，从无误记。刘师培文笔也非常出色，做起文章来，下笔千言，立马可待。这样的才情，自然深得师生钦佩，以至于狂傲不可一世、向来目中无人的黄侃在他面前也只能老老实实，最后干脆拜他为师。这时刘的另一弟子刘文典也在北大任教授，年轻有为，也可作为刘申叔有学问的有力证据。从不好的方面说，则是刘师培不思进取，仍站在新事物的反面，以病弱之躯，强作北大守旧营垒的中坚，在林纾与蔡元培的大战中瞎掺乎，得到社会上守旧人物的喝彩，当然在新派人物中也就知名了。

作为一代经学大师，刘师培在继承《左氏》家学的同时，善于吸收近代西方社会科学研究方法和成果并运用到中国传统文化研究中，开拓了传统文化研究的新境界。例如，他运用进化论思想研究古代社会生活的《论小学与社会学之关系》、《读书随笔》、《国学发微》、《小学发微补》等，都具有开创性的意义；关于《左传》的研究成果有《春秋左氏传古例诠征》、《春秋左氏传例略》、《春秋左氏传答问》、《春秋左氏传时月日古例考》、《读左札记》等；他研究《周礼》所着的《周礼古注集疏》、《礼经旧说考略》、《逸礼考》以及《古书疑义举例补》、《论文札记》等，都有较高的学术价值。鲁迅先生在1928年时说：“我看过的已刊的书（指中国文学史一类），无一册好。只有刘申叔的《中古文学史》倒要算好的，可惜错字太多。”

关于刘申叔的字，的确叫人啼笑皆非，那是写得又丑又怪，毫无章法。用周作人的话来说：“几乎与小孩描红相似，而且不讲笔顺——北方书房里学童写字，辄叫口号，例如‘永’字，叫‘点、横，竖、钩，挑，劈，剔，捺’。他却是全不管这些个，只看方便有可以连写之处，就一直连起来，所以简直不成字样。当时北大文科教员里，以恶札而论，申叔要算第一，我（即周作人）就是第二名了。”其实周作人也得不了第二，辜鸿铭应是第二，因辜的字缺笔少点，正与刘师培写字妄加连笔有“异曲同工”之妙。最妙的是刘师培写字丑不说，他自己还认为挺美，有时候他夫人何震讥笑他，他还不服，说：“我书之佳趣，惟章太炎知之。”一度他还有卖字的想法，征询于黄侃，黄侃想笑不敢笑，只得说：“你只要写刘师培三个字去卖就够了。”