同治九年七月，马新贻遇刺后，魁玉等严刑拷问，但张汶祥供词屡变，呈交朝廷后，给事中王书瑞上奏，表示案件必有幕后主使，应顺藤摸瓜，找到根源。于是，漕运总督张之万参与二次会审。这次会审提供出了新的审讯记录：张汶祥本来就是广东的太平军，后来又和海盗勾结。马新贻在浙江任巡抚期间，大力打击了南田海盗，张汶祥的很多同党被清军杀死，张汶祥自己的妻子也被人掠走。为此，张汶祥特地向马新贻提起诉状，希望得到解决。由于马新贻不准，遂挟仇行刺，并定性为报复杀人，无幕后指使。

慈禧看到审讯记录，仍然不能相信，特意找到在天津的曾国藩征求意见，慈禧问曾国藩：“这事情不是很诡异吗？”曾国藩表示同意。此后，曾国藩以新任两江总督的头衔会同刑部尚书郑敦谨第三次审理，张汶祥的终审相当于省长和公安部部长一起完成的。这次终审并无其他突破。按照清史的描述，马新贻基本可以说是一等一的好官，生得光荣、死得伟大。但由于此案审理得反复漫长，过程中出现一些蹊跷事情，让正史版的“刺马案”反倒不可信起来。

第二种：丑闻论。第二种版本是诸多“刺马”文学、影视做品的蓝本，在这个版本中，“刺马案”本已水落石出，但清廷为遮丑，不得已伪造供词、屈打成招，捏造出张汶祥通匪复仇的故事，让案情得以了结。这个版本，也是坊间巷里传得最广的。

在这个版本中，马新贻本无能耐，曾战败于太平军被俘。当时太平军已经日薄西山，遂有马新贻诱之以利，与张汶祥、石锦标、曹二虎三人结义。张汶祥即为《投名状》中姜午阳的原型，曹二虎、石锦标，名字虽然一样，但性格已被大幅改动。

在丑闻版的刺马内幕故事中，马新贻依靠张汶祥、石锦标、曹二虎搏命获得的军功，累迁至巡抚、总督，张汶祥、石锦标也升至四品左右，唯独曹二虎因有勇无谋，最终只谋得五品官职。后来，曹二虎觅得佳人，却被马新贻瞄上，马先是诱奸了义弟之妻，在事情败露后，又设计杀了曹二虎。而张汶祥则离开马新贻，最终伺机刺死马新贻，复仇成功。

这个版本的来源，据说是张汶祥最终向郑敦谨主动交代的，因为张汶祥敬重并信任这位“郑青天”。但考虑到丑闻涉及朝廷命官，最终将张汶祥挟仇报复的审理结果作为判处依据。但在案件发生不久，还在审理期间，关于“刺马案”的文戏就已经在民间上演，戏中的故事就是马新贻负友渔色，张汶祥为弟复仇。由于民间传闻不可忽略的作用，最终的审判结果更被认为是慈禧太后有意掩盖丑闻，而马新贻衣冠禽兽的评价也传得越来越真切。

第三种：阴谋论。但随着时间的推移，更多的小说家推出了阴谋论的解读方式。马新贻因政绩累迁，不管是不是真的有政绩，但他上表请求减去税赋，兴修水利工程，打击盗贼的事情，应该是不会作假也很难作假的。从这个角度来说，马新贻在政治上，确有所作为。阴谋版把着眼点放在湘军、淮军的矛盾，曾国藩的命运转折，马新贻与丁日昌的关系上。

天京（今南京）被湘军攻陷后，太平天国失去了最后的据点，在太平天国兴盛时期，洪秀全等太平天国首脑聚集了大量的财富，但最终，曾国藩向清廷呈交的数目却相当有限。财富去向，成了太平天国覆灭后的一大谜团。纵观曾国藩一生，虽也有起伏，却绝无跌宕。

太平天国覆灭后，慈禧为防止曾国藩独大江南，将其调离两江，同时，通过李鸿章对湘军进行裁军、削编和打压。而这个军事改革的执行者，就是马新贻。

马新贻属淮军派系，用他来打压湘军，应不会有勾结的可能。马新贻任两江总督前，曾得慈禧召见，按照一些历史学者和小说家的推测，在这次接见当中，马新贻得到了调查太平天国财产去向的密旨。带着这样的双重使命，马新贻履新上任。在阴谋论的观点当中，曾国藩对于削编湘军持默许态度，这也是他谋求自保的一个选择。

但另外一方面，湘军也不甘心坐以待毙，裁军之后，大量湘军反成土匪，靠杀人越货谋生度日。作为匪徒，他们又一次站在了马新贻的对立面上，第二次遭到马新贻的打击。于是，湘军重金买凶，觅得张汶祥行刺。另一方面，为了混淆视听、颠倒黑白，通过文人、戏班编排丑化马新贻的文戏，误导民众认知。