根据中国政府的要求，三门峡大坝工程由苏联的伯克夫主持设计，大坝代号“360”。动工之前的1957年4月，中国政府水利部在北京邀请了70位中国专家、教授参加了设计方案论证会议。在邀请者中，清华水利系的张光斗与黄万里这两位30年代自美国学成归国的水利专家均榜上有名（张光斗，1935年赴美留学，先后获美国伯克利加利福尼亚大学水利工程学硕士、哈佛大学土木工程学硕士学位，后中断博士学位学业于1937年归国；黄万里，黄炎培之子，1934年赴美留学，先后读过三所大学，分别获硕士与博士学位。是伊利诺伊大学的第七个博士，也是中国第一个水利工程学博士，1937年归国）。据说这是一个“务虚”的会议，论证进行了7天。当时主持设计的苏联专家伯克夫与负责这一项目的中国各级官员以及绝大多数专家认为，通过绿化，黄河流域水土保持能很快生效，上游进入三门峡的泥沙能很快减少，因此可用三门峡的高坝大库全部拦蓄泥沙。大坝蓄水后，经过沉淀变清，然后用下泄清水来刷深黄河下游的河床，从而把黄河一劳永逸地变成地下河——这一思路导致了三门峡工程规划没有设计泄流排沙的孔洞（后设计，但在施工中又被封死）。在当时的政治环境下，参加论证的70位专家，绝大多数人对在三门峡建坝拦沙于上游，坝下不设排沙孔洞这一方案，或真心或违心或别有用心地表示拥护。只有“不知天高地厚”的清华教授黄万里和一个大学毕业不久、名叫温善章的小技术员，对大坝工程提出反对意见。据说黄万里在七天会期中，单枪匹马，舌战群儒，和苏联专家、中国专家展开激烈论战。按黄的说法：“三门峡大坝建成后，黄河潼关以上流域会被淤积，并不断向上游发展，到时候不但不能发电，还要淹掉大片土地；同时，黄万里对举国上下大喊大叫的‘圣人出，黄河清’的说法甚为不屑，认为‘黄河清’只是一个虚幻的政治思想，在科学上是根本不可能实现的。而赞成这种说法的官员、专家，实出于政治阿谀而缺乏起码的科学精神。黄河水流必然挟带一定泥沙的科学原理不能违背，即是从水库流出的清水，由于冲刷力要比挟带泥沙的浊水强大，将猛烈冲刷河床，必然使黄河大堤成片崩塌，清水也必将重新变成浊水”云云。

不久，黄万里在校内报纸《新清华》上，以小说的形式发表了《花丛小语》。文章批评北京新修的道路反浆，公共汽车停驶，要是在美国，市长早干不成了，等等。又从“文人多无骨”引伸到当年黄河三门峡工程的论证。其中一段说，“你看章×原来有他自己一套治理黄河的意见，等到三门峡计划一出来，他立刻敏捷地放弃己见，大大歌颂一番。并且附和着说‘圣人出而黄河清’从此下流河治” 云云。

很快，清华校方把黄氏“大作”《小语》上报毛泽东，毛看后随即加上“什么话”按语在6月19日的《人民日报》上刊出。同时，毛泽东还针对黄的文章说：“有这么一些中国人，说美国一切都好，月亮也比中国的圆。”（曾昭奋《江河万里》，载《清华园随笔》，清华大学出版社2004年出版。以下引文同）黄的文章立即成了反党、反苏、反社会主义的“铁证”，黄万里被打成“右派”，下放农场接受劳动改造。后来黄万里曾对人说：“我的右派帽子是毛主席‘钦定’的，逃也逃不了。”

当1937年黄万里从美国学成归来时，途经横滨暂泊，偶遇在日本学医的丁玉隽小姐，二人一见钟情，同船归国后即在庐山举行了婚礼。丁玉隽的父亲乃国民党元老丁惟汾，第一次国共合作时期，丁任组织部长，毛泽东任宣传部长，二人同为党国大员，且颇为友善。而黄炎培则是教育界名宿，国共合作时期亦担任政府要职，因而黄、丁二位名门子女的庐山之恋，曾轰动一时，给世人留下了难以忘怀的印象。事隔22年之后的1959年，毛泽东在庐山与彭德怀展开政治决战，他在批彭时说了“你彭德怀和黄万里一样脑后长着一块反骨”等语。