由于毛主席的这一“反骨”结论，黄万里在“右派”前又加了一个“大”字，成了罪大恶极的“大右派”，帽子一戴就是22年半， 直到1980年2月26日，才获得了“右派改正的决定”，成为清华大学最后一个摘帽的右派分子。

1957年4月13日，黄河三门峡水利枢纽工程正式开工。张光斗因为赞成修坝成了三门峡工程的中方技术负责人。一时间，河南与陕西两省热闹起来。同月，西安农业展览馆紧跟形势，举办了“三门峡工程图片资料展”。在门口最显赫位置的一块模板上，书有“圣人出，黄河清”六个金光闪闪的大字。其时简化字刚推行不久，许多人不认识被简化了的“圣”字（正体为“聖”），围观者交头接耳小声议论，忽见当地人送外号“二杆子”的中年汉子高声朗读曰：“怪人出，黄河清。”话音刚落，“二杆子”就被现场的保卫人员三拳两脚掀翻在地，五花大绑押入公安机关，尔后以现行反革命分子罪名打入深牢关了起来。鉴于这一“怪人出”的政治事件，展览馆的领导者怕惹火烧身，很快就取掉了上写六个大字的模版。

模板是取掉了，但那位不知名的“二杆子”高声呼喊的话，像是一句谶语，昭示着未来的不祥之兆。不但黄河没有变清，反倒是滚滚泥沙淤死了三门峡大坝，回水倒灌泾渭河，淹了富庶的八百里秦川。千古民族宿愿，又一次在混沌的黄水里化为泡影。

1961年，三门峡大坝建成，1962年2月第一台15万千瓦机组试运转，总投资9.42亿元人民币，对当时的新中国来说，可以说是倾全国之力。建成后的工程虽然给黄河下游防洪安澜和灌溉、发电等方面带来了一定经济效益，但在建造时由于没有考虑排沙这一关键性技术问题，泥沙淤积问题日益突显。据国家水电部资料显示，1960年工程蓄水，到1962年2月发电时，水库就淤积了15亿吨泥沙；到1964年11月，总计淤积泥沙50亿吨。越三年，库内淤塞泥沙达34亿立方米，几为设计库容的一半。而黄河回水，使潼关河床淤高了4.5米，迫使黄河最大支流——渭河水位上升，直接威胁中国西北的经济中心西安的安全。中国最富裕的关中平原，大片土地出现盐碱化和沼泽化，使得库区移民上上下下来回反复迁徙，十几万人弄得家贫如洗，疾病缠身，男女老少啼饥号寒，其凄苦悲惨之状，令见者为之泪下，曾代表国务院前往考察的高官大员面对惨象，亦禁不住说：“国家对不起你们”。据黄万里的长公子黄观鸿说：当时三门峡的败象日显，陕西泥沙日积，地方官忍无可忍，绕过周恩来径向毛泽东告状，毛泽东急了，说：“三门峡（大坝）不行就把它炸掉！”

为情势所迫，1964年，三门峡不得不进行第一次改建，强行用炸药在坝底炸开了“两洞四管”，以用于泄流排沙；1969年，又进行了第二次改建，耗资八千万元，再度在坝底炸开了8个孔洞，进一步增大了泄流排沙的能力。尽管如此，依然留有巨大隐患。2003年8月，渭河一场洪灾，使建成40多年的三门峡水利枢纽工程再次成为社会各界争论的焦点。据陕西方面的水利专家说：“今年渭河的水并不大，只相当于渭河5年一遇的洪水。但今年形成的灾害比较大，相当于渭河50年一遇洪水的灾害（其中华县、华阴市遭受了自1556年以来500年最大的灾害，生活水平倒退了10年），这场灾害使陕西全省有1080万亩农作物受灾，225万亩绝收，成灾人口515万人，直接经济损失达82.9亿元。”（参见2004年02月22日《工人日报》）当年黄万里“黄河下游的洪水他年必将在上游出现”的预言再一次不幸言中。

据陕西省水利志的记载和近现代水利专家的考察，渭河在历史上并不是一条淤积严重的河流，从春秋战国时期到1960年的2500年间，河床淤积厚度仅为16米，平均每100年才淤积0.6米。自三门峡水库建成后淤积速度可谓一泄千里。据2003年10月22日潼关水文站所测数据，当天的潼关高程是327.94米，而1960年只有323.40米，仅仅40多年时间竟比过去高出了4.5米，相当于历史上750年淤积量。因潼关高程居高不下，关中水患则永无穷尽。