1942年10月，夏鼐受傅斯年之聘由中央博物院转入史语所考古组工作，职衔为副研究员。1944年2月，夏鼐代表中央研究院史语所参加了与中央博物院筹备处、北大文科研究所等单位合组的西北科学考察团离开李庄，对河西走廊和敦煌附近进行将近两年的科学考察。吴金鼎因其间代表中央博物院筹备处主持发掘成都琴台永陵王建墓，一直延续到1944年年初才正式由中央博物院筹备处转入史语所考古组工作。非常不幸的是，由于傅斯年对其轻视，加之各方面复杂的人际关系，吴没能像他的学弟夏鼐一样被冠以副研究员的职位，只弄了一个“技正”的帽子戴在头上，而在科研机构，研究人员属于正牌，“技正”却是技术人员与管理人员同类，几近于最为低级的勤杂人员。1942年10月21日，傅斯年在向中央研究院提交的《工作报告》中就明确注明：“本所设所长一人，研究员、副研究员各若干人，研究员及副研究员分专任与兼任。另设通信研究员若干人……此外，并设助理研究员及助理员各若干人，其不属于研究人员者，则有技正、技士、技佐、管理员、事务员及书记。”[42]当时整个史语所属于正式的研究人员总数达30人，除陈寅恪属于兼任外，其他29人全为专任。而堂堂的留英博士吴金鼎却不在此列，只能与戴着非研究人员所有的一顶号曰“技正”的白皮小帽，混迹于二、三流的勤杂人员行列。在一贯重视儒家所谓“劳心者治人，劳力者治于人”的传统中国知识分子看来，这个“技正”的头衔，无论怎样掩饰和打扮，内在的含金量与外部的光芒，都无法与研究员这一“顶戴”相提并论。

事实上，就当时的薪水论，史语所的研究员月薪500元，而“技正”是技术人员中最高的职衔，月薪只有400元，这就是说，吴金鼎的晋升之路已被堵死，一辈子不可能拿到与研究员同样的薪水了。于是，吴把这一待遇自然地看做傅斯年故意对自己的污辱与轻慢，从而对傅大为不满并滋生了怨恨之情。山东人固有的倔犟、偏执性格与心中的郁闷，使吴金鼎渐渐产生了抛下自己的研究事业，离开这块令人不快的是非之地，索性一走了之的念头。当时吴金鼎正整理编写成都琴台永陵发掘报告，经过反复思考，借政府决定招收知识青年入伍抗日的契机，终于作出了令傅斯年、李济以及所有相识者都始料不及的抉择，并不顾众人一再劝说挽留，怀着“此处不留爷，自有留爷处”的悲愤心情，于这年年底背着正在编写的半部成都琴台永陵王建墓发掘报告草稿，在黎明的苍茫夜色中，顶着漫天风雪孤独而凄凉地踏上了前途未卜的旅程。

1945年年初，按照蒋介石指令，号称由10万知识分子组成的青年军，在短暂集中后编成9个师，以原缅甸远征军总司令罗卓英担任训练总监，蒋经国为军政治部主任，负责行政上的实际领导职责。青年军的组建，为蒋经国步入军队高层系统并执掌军权打开了一条宽敞的通道。

按照国防委员会频布的命令，征召的青年军各师、团分别在四川、陕西、贵州、云南、江西、福建等6个不同地区整训。自1945年1月1日起，四川省从军的知识青年陆续集中，分批乘专车赴泸县军营整编。直到8月初，同济大学参军的300多人，才开赴泸县203 师受训。

此时，中国军队的人格教育和兵制教育，依旧沿袭清末新军的老套路，即靠湘勇起家的曾国藩外加“军阀王国的始祖”、日本山县有朋的训导模式。而这个时候的中国文人教育，特别是高等教育，继五四运动之后已发生了巨大变革，民主、自由等思想已融入青年学生的血液之中，并成为学子们为之追求的理想和人生行动的目标。两种截然不同的思想文化和教育方式，在旧式军人与新生代学生军之间产生了剧烈碰撞与对立，这种隔膜与对立，就不可避免地为从军学生的个人悲剧埋下了伏笔。

早在1940年，一些满怀爱国热情投笔从戎的青年学生，加入了国民党在重庆綦江举办的战时干部训练团。其间，有学生兵开始公开传阅有共产倾向的另类书籍，鼓吹联合抗日，并与一些旧式军官在思想和行为方式上发生了冲突。面对这一情形，黄埔一期生、时任战干团教育长的桂永清大为震怒，强行下令逮捕了上百名“造反”与“滋事”的学生兵，除了拉到郊外枪杀外，对几名带头滋事的所谓头头，分别挖坑活埋，这一残酷的杀戮酿成了震惊全国的“綦江惨案”。虽然在全国民众一片愤怒声讨中，桂永清遭到了革职处分，但不久即转赴德国出任武官。再之后，又相继获得了国民党海军总司令、陆海空三军总参谋长、一级上将等高职显爵。