2009年，维基解密涉及的揭秘事件主要还有以下几起。1月 28日，维基解密公布了截获的涉及 2008年秘鲁石油丑闻的秘鲁政客同商人之间的 86段电话录音，泄密的内容占据了五家秘鲁报纸的头版。这导致了由工人、教师、建筑工人和医生等社会各阶层的街头示威游行，要求内阁辞职。丑闻最终导致总理霍尔格 ·德尔 ·卡斯蒂洛的下台，并任命耶胡德 ·西蒙为总理的新一届内阁。

自从 2009年 5月起，维基解密连续在其网站上公布比尔德伯格集团（Bilderberg Group）历史上几次会议的报告，年份分别是 1955年、1956年、1957年、1958年、1960年、1962年、1963年和 1980年。该集团发起于 1954年，因在荷兰的比尔德伯格饭店举行定期的秘密会议而得名，集团成员包括跨大西洋的各国政要、军方要人、商界巨子、银行财阀、王室成员和其他各类精英，据称这些会议旨在操控整个世界的局势。2009年 8月，在一系列揭秘网帖中，维基解密网站将考普辛银行（Kaupthing Bank）的内部文件公布。文件显示该银行涉嫌将大笔资金借贷给银行的所有者，最后将大量坏账一笔勾销。该行的律师威胁要引用银行保密法对维基解密采取法律措施，然而，揭秘文件引发的冰岛国内的骚动迫使银行不得不采取补救措施。此举恰在冰岛银行业的倒闭之前，倒闭最终造成了 2008年至 2010年的冰岛金融危机。 

2009年10月，英军的第 440号联合服役条例（Joint Services Protocol 440），一份长达 2400页由英国国防部 2001年制订的保密文件，被维基解密泄露。该文件包含安全保卫的条例，例如如何避免信息泄露给黑客、记者和外国间谍。 

2009年 11月，维基解密公布了气候门（Climategate）的一系列电子邮件和档案。2009年 11月，某黑客入侵英国的隶属东安格里亚大学的气候研究小组的服务器，将存储在上面的个人档案以及发现的电子邮件发布于网络上（亦有人认为并非黑客所为，而是内部告发）。1996年以后的 1000封以上的电子邮件以及 3000份以上的内部文件被盗取。有关部门正在对此进行调查。对温室效应持反对意见的团体认为，那些电子邮件通信是为了将气候变迁归咎于人类活动，而对数据进行篡改的密谋。

作为一家非营利媒体机构，维基解密网站的运营资金主要来自团体和个人的捐助，或者团队成员自掏腰包。数十万美元的合法捐赠来自于媒体机构，包括美联社、《洛杉矶时报》和全国报纸出版协会。由于没有从事任何商业项目，资金来源并不稳定，资金短缺一直是困扰维基解密网站的一个棘手问题。与其公布机密文件时的透明度形成鲜明对比，维基解密在自身财政问题上则极端谨慎。阿桑奇表示 5位所谓 “全职 ”编辑，也都是不计报酬的，他们都是通过某种其他事情挣钱维持开销。维基解密在德国的代表、曾经作为该组织发言人的丹尼尔 ·施密特（Daniel Schmitt，真名叫丹尼尔 ·多姆施特 -贝格，Daniel Domscheit-Berg，后离开维基解密）曾经对电视媒体表示，所有维基解密成员都是自愿工作的，甚至他们的发言人也没有工资。维基解密每年（2009年以前）的运营开支大约为 15万欧元，主要是网络费用、网站服务器的租用和储存成本、一些硬件和旅行费用。据阿桑奇称，维基解密在其他国家也注册了类似的机构：澳大利亚的一个图书馆、法国的一家基金会、瑞典的一份报纸，以及在美国的两个免税慈善组织。但阿桑奇并没有透露这些机构的名称，因为他担心政治因素可能会导致捐款流失。 

2009年12月 24日，维基解密宣布它正遭受资金短缺，除了提交新材料的形式外，该网站已经取消了所有资料的外部链接。所有登陆该网站的用户看到的是维基解密的筹款声明：“我们保卫世界，但谁来保护我们？”先前所公布的材料也无法登陆，尽管一些人仍能通过非官方的镜像进入。维基解密宣布一旦运行成本筹措到，就立刻恢复网站全部运行。该网站将其看做是一种罢工，“为的是保证所涉及的每个人都停下手中的工作，切实地花时间去筹款 ”。在 2010年 1月 4日所做的一次访谈中，当被问及维基解密的运作成本时，阿桑奇说：“迄今为止，最大的成本是人。当然，随着运行规模的增加也会有一个成本。我们经手的材料越多，就会发生越来越大的管理和人力成本。员工需要写材料的概要并核实它的真伪。目前每个人都是自愿服务，但那种状况将永远持续下去。”管理成本和网站维持的费用一直在上升，2009年，至少需要 20万欧元，如果计算人员工资的话，则至少需要 60万欧元。对于维基解密这样一个非营利机构而言是难以负荷的。阿桑奇表示暂时关闭网站就是为了让公众再一次意识到，维基解密存在的价值和意义。

经过十几天的努力，到 1月 6日，该网站的最低筹款计划达成，网站重新开放。在 2009年 12月之前，他们每个月收到的捐款平均不到 3000欧元。维基解密网站因资金问题被迫关闭后的数个月内，捐款额一下子增加了 20倍。在募集到约 75万欧元之后，网站于 2010年5月又恢复了运行。事实上，“维基解密每一次发布新的文件都会引起一阵捐款高潮。”福尔达表示，“通过贝宝方式支付给维基解密的捐款一周就超过了 8万欧元。”然而，不久之后，由于受到了某种压力，贝宝宣布冻结维基解密的账号。

阿桑奇曾经表示，维基解密发布机密文件的行为已经招致了部分政府和企业的封杀和起诉，他们担心机构的资金和设施将成为下一阶段的攻击目标。这种担心很快就成为了现实。2010年 7月，在维基解密公布了大量美军机密文件以后，网站已经遭受到了一系列的网络攻击。出于政治考量，原来同维基解密合作的不少公司——包括网络巨人亚马逊公司 ——已经终止了托管网站及为其提供服务。此外，一些金融机构 ——包括万事达（Mastercard）、维萨（Visa）和贝宝 ——都已经撤出了允许人们对该网站捐款的服务。网站在瑞士的银行账户也被关闭。因此，该网站已经建立了一个复杂的汇总和拨付系统，以保护捐款的来源和用途。“运作一个机构非常困难，更别说一个不断被监视和起诉的机构。”阿桑奇说，“司法裁决会对一个机构的运营产生影响，我们不能让现金流被完全约束住。”德国 WauHolland基金会是维基解密的金融网络中的一个关键。维基解密鼓励捐助者通过它在该基金会的账号捐款。这样做有两点好处。首先，根据德国法律，基金会不能公开披露捐赠者的姓名；其次，由于基金会没有涉及维基解密的运作，它也不可能被起诉，因此捐款也能得到保护。从 WauHolland基金会取钱的程序并不简单。