棉花使南方具有一种夸张的独占意识。作为全球棉花的主要生产基地，亚拉巴马和南方其他各州都开始认为他们应当掌握自己的命运。雷曼兄弟清楚地意识到而大部分南方人没有意识到的一点是：棉花控制的重要力量已经来源于他处——美国东北、英格兰和欧洲其他各国的工厂是棉花的主要需求方；纽约日渐稳定地成为供需双方连接的纽带，而且实际上已经是南方的经济之都。在南方陶醉在自己的世界中时，雷曼兄弟在美国南北两个棉花经营阵营均有涉足。

南方各州中第一个脱离合众国的南卡罗来纳州于1860年12月独立，恰好在林肯总统选举前后。很快，人们的关注重点转移到亚拉巴马州。1861年2月4日，蒙哥马利大炮轰鸣，钟声响彻，此时已经退出合众国的6个州的代表齐聚于此组成南部邦联政府。随后就在2月份，大规模的人群聚集在戈特希尔的草坪上目睹了杰弗逊·戴维斯在州议会大厦的露天平台上宣誓就任南部邦联总统的情景。几天后，戴维斯再次出现在露天平台，这一次是在交易大酒店的露天平台上，《百年纪念》这样报道当时的情景，他站在那里“接受聚集在科特广场的人们的热烈拥戴”。兴奋的梅耶·雷曼一家和雷曼兄弟的员工一定就在附近，要么是在热情洋溢的人群中，要么是在对面的公司办公室里往外看。

蒙哥马利成为第一个南部邦联首都，而亚拉巴马则成为“南部邦联的摇篮”。接下来的几个月，蒙哥马利成为“部队驻地和军备仓库，到处都在宣传战事，一派热血沸腾的景象”。戴维斯和家人生活在人们叫做南部邦联白宫的一座庄严的白色二层小楼里。当时，年轻小伙子都不假思索地匆匆参战，他们唯一担心的是不能在南方获胜前到达前线——他们坚信南方不会失败。

伊曼纽尔·雷曼在纽约对当时的情况有完全不同的看法。林肯从 1861年4月开始封锁南部各州，切断南方到北方的棉花输送路线，雷曼兄弟公司来自北方纺织品制造商的收入也被切断。南部的棉花要跨过大西洋到达英格兰和欧洲大陆的其他市场就必须突破封锁。随着公司业务的中止，绝望的伊曼纽尔认识到多年来的努力可能很快就被付之一炬。可能他在内心深处质疑过南方的同胞——甚至他的弟弟——怎么能够让这样的混乱局面发生呢！南方在政治领域一直是欢呼雀跃般的“看多”情绪，而伊曼纽尔却选择“看空”。他对近期的发展状况极其悲观。

其实情况还没有像伊曼纽尔担心的那样彻底完了。平静下来后，他和梅耶认真分析了当时的情况，发现并没有像他想象的那么令人沮丧。内战期间，棉花交易急剧下降，但从来没有停止。南方急需卖出棉花支付战争费用，而北方又需要棉花，特别是因为工厂都在为联军赶制大量制服。

战争爆发的时候，兄弟俩刚刚30岁出头，伊曼纽尔和梅耶完全可以选择加入南部邦联的军队，但他们还是选择了更好地发挥自己的特有技能来为战争效劳。他们成为穿越封锁线的人——不完全是犹太版的小说《飘》中的瑞德·巴特勒——但他们和瑞德一样受人尊敬，还留着胡子。梅耶努力突破棉花的封锁线，伊曼纽尔则把棉花卖到纽约的紧俏市场。一些从南方输送到纽约的棉花必须先运到英格兰避开封锁，完成两次横跨大西洋的旅程。

1862年5月，北方海军控制新奥尔良后，情况有些缓和。同年，梅耶把雷曼兄弟公司的部分业务转移到那里，与芭贝特的兄弟本杰明·纽加斯合伙。只要有可能突破封锁输送更多棉花（通过一些交际策略、微妙谈判，甚至一定的贿赂），雷曼兄弟公司就具备应付这一切的优势。

战争期间，伊曼纽尔多次到英格兰处理业务。1863年末的一次，他带着全家回到德国。表面看来，这是他和妻儿同行的一次寻根之旅，不过，那时候根本不适合在欧洲各处逍遥游。在普鲁士，奥托·冯·俾斯麦伯爵，威廉大帝统治时期的大臣和幕后操纵者，正在发起统一德国的战争。19世纪60年代到70年代初期，他因此发动了针对丹麦、奥地利和法国的军事演习。因此，普鲁士军队需要很多制服，而且棉花的价格非常不错。伊曼纽尔，雷曼兄弟中务实的一位，不会把这次旅行仅仅作为一次旅游和眷恋故乡之行。