1953年，吴敬琏大学毕业，不巧因查出肺病未康复不能分配工作，于是留在学校康复楼中养病，一年后才拿到毕业证书，被分配至社科院经济研究所。就这样，他回到了北京的家中。

激进的吴敬琏对这个家庭来说似乎有些陌生了，他的言论常常令家人感到震惊和不安。有一次，吴敬琏对母亲邓季惺说：“你以后不要坐沙发了。”邓问：“为什么呢？”吴敬琏回答：“无产阶级都坐凳子，你为什么要坐沙发呢？”母亲无言以对。还有一次，吴敬琏在家里公开表示：一个人不应该有两件以上的衬衫。过惯了优裕生活的邓季惺和陈德铭对此目瞪口呆。

进了经济所，表现积极的吴敬琏成为重点培养对象，被任命为首届团支部书记，还被派去给苏联经济学家阿·比尔曼当助手，学习国家财政等宏观经济理论。阿·比尔曼是苏联赫赫有名的财政专家，作为援助中国建设的学者，他奉命前来推行苏联财务管理模式。苏联财务管理强调经济核算，原材料和产品均以定价流通，带有鲜明的国家干预色彩。

这是吴敬琏第一次参加经济实践工作，他的任务是每天到国务院主管经济的财务司抄写历年的财务报表，从而对刚刚建立起来的计划经济体制有一定程度的了解。但随着实践的深入，聪颖激进的吴敬琏越来越觉得经济管理体制存在着一些带有根本性质的缺陷。他后来这样写道：“片面依靠行政命令来管理经济，而没有充分发挥价值规律和有关经济杠杆的作用，使经济管理过分集中和僵化，不能发挥生产单位和职工的积极性与创造性。”