正因为窥见了计划经济的缺陷，吴敬琏日后才义无反顾地倡导市场经济。不过这时的他并没有接触市场经济思想，只是对现状产生了怀疑，备感苦闷、困惑。与此同时，政治上的遭遇也令他焦灼不安。1956年初，周恩来总理提出“向现代科学进军”的口号，经济所的青年们积极响应，却遭到上级部门压制，吴敬琏替被批判的乌家培说了几句话，也成了被批判的对象。

风波过后，吴敬琏抑制住内心的怀疑，以空前的热情投入到计划经济理论的论证当中，由于他根底深厚、头脑聪敏，很快便脱颖而出，成为那一批青年经济学者中的佼佼者。

作为“向组织靠拢”的积极分子，吴敬琏有机会参与他生平最重要的一场论战。由于研究能力出众，吴敬琏得以担任“理论反击员”的角色，而他的对立面正是他的师长--当时经济所的所长孙冶方。此人是一个有着独立精神的经济学者，属于最早意识到计划经济弊端并公开批判的那一批人。他和另一位经济学者顾准第一次提出应按照价值规律发展国民经济，对当时的计划经济体制构成挑战，为保守派所不容。

严格意义上讲，这不是市场规律与行政管控在中国的第一次交锋，但却是最引人瞩目的一次，围绕经济体制问题，日后经济理论界还会出现数十次论战，而这一次，令吴敬琏终生难忘。

1964年秋天的一次座谈会上，主张按照价值规律办事的孙冶方成为批判的对象，随后升级为猛烈批斗，他被戴上“中国最大的修正主义者”的帽子，还因有“里通外国”的重大嫌疑，被撤销党内一切职务，每天打扫厕所。期间，作为理论上的反攻，吴敬琏、陈吉元与周叔莲联合署名发表《社会主义生产目的不容歪曲》一文，提出“生产要么是为了利润，这就是资本主义生产；要么是为了满足社会需要，这就是社会主义生产”。这显然是在针对孙冶方所言的价值规律。

如果说对孙冶方的批判是形势所迫和理论分歧，那么随后爆发的“文化大革命”不仅让吴敬琏对形势有了更清醒的认识，还无意中给他提供了一个重新审视已有经济理论的机会。

1969年，林彪下达备战“一号命令”。中科院各学部响应号召，全体人员集体下放，经济所所有人员下放河南息县“五七干校”。吴敬琏与另一位“老右派”顾准被分到了同一个排里。