1982年，夏天即将结束的时候，“农发组”建制，并入中国社科院农业经济研究所。这样一来，身为组员的周其仁变成农业经济研究所的一名研究员，他戏称自己还未正式毕业就被“分配”了。无疑，这个去处正是他所向往的。

年届70岁的杜润生成为“发展组”的直接领导，在他的带领下，周其仁等进行了大量实地调研，对农村问题有了更加专业的认知，“农发组”成员迅速成熟，成为研究农村问题的主力。

此后，其中一部分人组建经济体制改革研究所，其他人组建农村发展研究所。杜润生是这两个所的主任，但他总是站到年轻人的身后。在杜润生的带领下，资历尚浅的周其仁得以参与中央农村政策的制定，不仅为以后的研究奠定基础，更确立了奉守一生的实地调查的研究方法。

或许早年的遭遇留下太过深刻的印象，周其仁关心时势，但不热衷于政治。即便如此，周其仁还是异常严谨地参与了杜润生领导的农村政策的起草工作。有一年，中央农村“一号文件”写出来，杜润生指派周其仁到国务院印刷厂担任最后校订。这样一来，他以非党员的身份，“过目”了这份党内文件。多年后每当回忆至此，周其仁仍会大发感慨，自称“生逢其时”，“不经意间走进一个书本上没有的学问天地”。

渐渐地，这些年轻人闯出一些名堂，“农发所”的招牌越发响亮，成为京城众多研究机构中小有名气的一个，很有些神秘色彩。

这是周其仁学术生涯中最单纯快乐的时期。一有机会，他就和同事下乡考察，回来之后写成研究报告。

1986年，周其仁和戴小京合作完成《农民、市场与制度创新》一文，着重分析了农村产权改革问题，首次提出农户土地经营权的“法律表现”，如果“所有制的革新变化得不到相应的法律肯定，倒退也就难以制止”。不但如此，周其仁和戴小京还提出一个更大胆的建议：“农民家庭土地经营权的重建，使整个国民经济的运转体制变得不适应，因而需要根本的全盘变革。”

从这篇文章中不难发现周其仁早年经历的影子。当产权问题的思考上升到全社会层面的时候，他需要更加广阔的视野来论证自己的论断。

第二年，加州大学洛杉矶分校留学生肖耿到农发所访问，周其仁请求他回到美国后给自己邮寄一些产权方面的原版文献。此后几年，周其仁在实地调查和阅读中度过。每逢下乡，他都会背上肖耿寄回的文献，一面走访、调研，一面学习国外的理论。由于英文不好，几位同事就帮他把文献翻译成中文。